Soutenance de thèse - Mohamed THANI IBOUROI

Avis de Soutenance

Mohamed THANI IBOUROI

Soutiendra publiquement ses travaux de thèse intitulés
Conservation de deux mégachiroptères des Comores, une approche multidisciplinaire et intégrative

Soutenance prévue le jeudi 23 novembre à 9h30
Lieu :
l’amphithéâtre 5.03 du campus de l'UM

L’archipel des Comores héberge une diversité biologique exceptionnelle avec un taux d’endémisme élevé au sein de chaque groupe taxonomique. Cette richesse fait cependant face aux effets alarmants de la perte d’habitats naturels et de leur fragmentation causées par les pressions anthropiques mal planifiées. Les mammifères sauvages sont parmi la faune la plus touchée par la perte d’habitats dans ces îles. Ces espèces sont souvent caractérisées par des tailles de populations faibles qui les rendent sensibles aux perturbations. De plus, ces petites tailles de populations peuvent amplifier les menaces à travers des mécanismes de consanguinités et/ou d’effet Allee, ce qui conduit à la réduction de leur potentiel évolutive et de leur viabilité dans le long terme. Pour mieux appréhender l’effet des actions anthropiques sur la faune des Comores, j’ai étudié deux Mégachiroptères endémiques et menacées d’extinction des Comores (Pteropus livingstonii dont la taille de la population est estimée à 1300 individus et P. seychellensis comorensis dont la taille de la population est estimée à plusieurs milliers d’individus). Je me suis appuyé sur des approches génétiques, d’écologie spatiale, de démographie mais aussi sur une étude socio-économique. Une telle approche intégrée est cruciale pour identifier les causes des déclins et proposer des mesures de conservation efficaces. Dans le premier volet de ma thèse, j’ai modélisé l’utilisation de l’espace par les deux espèces ainsi que leur distribution géographique à travers des modèles de niches, plus spécifiquement la méthode de « Species Distribution Modeling » à travers l’approche « Ensemble of Small Models » spécifiquement adaptés aux espèces rares. Ce premier axe m’a permis de déterminer quelles sont les variables écologiques et/ou les pressions anthropiques qui déterminent la distribution des deux espèces dans l’archipel. Cela m’a permis aussi de caractériser le degré de menace subi par ces deux espèces. Dans le deuxième volet de ma thèse, j’ai étudié la diversité génétique et la structuration des populations des deux espèces entre les quatre îles des Comores afin de détecter d’éventuels ruptures des flux géniques entre les différentes populations d’une même espèce et d’identifier les populations à risque d’extinction. Cette étude montre que les deux espèces, pourtant proches phylogénétiquement et morphologiquement, ne présentent pas du tout le même patron de structuration des populations. Dans un troisième volet, j’ai exploré la faisabilité et le coût de la mise en place d’un éventuel suivi individuel à long terme des paramètres démographiques des populations de P. livingstonii à travers un échantillonnage non-invasif combiné à l’approche capture-marquage-recapture (NIGS-CMR). En effet, la sensibilité à la capture et le degré de menace sur cette espèce ne permettent pas d’adopter les méthodes traditionnelles de suivi basées sur la capture physique et le marquage des individus. Cet axe montre que l’approche NIGS-CMR est réaliste mais induit des coûts qui paraissent peu compatibles avec les budgets disponibles pour le moment pour la conservation et le suivi de cette espèce aux Comores. Enfin, dans un quatrième volet, j’ai caractérisé les pressions anthropiques subies par ces populations en lien avec les caractéristiques socio-économiques de l’archipel (exploitation des forêts, pressions de chasse…) et cela à travers des interviews classiques et d’un dispositif original d’étude sociologique (Q-sort). Ces approches permettent de mieux comprendre quelles représentations ont les populations locales de ces espèces afin de mieux interpréter l’évolution de la forêt naturelle et prédire son avenir. Dans une dernière partie, j’ai mis en regard les résultats des différentes approches complémentaires pour discuter d’un plan de gestion et de conservation approprié pour ces espèces à fortes valeurs patrimoniales.

 

Mots clés: Perte des habitats naturels, Comores, Pteropus livingstonii, P. seychellensis comorensis, Stratégies de conservation

 

 

Composition du jury 

Claude MIAUD,                 Directeur d’Etude, EPHE                                         Directeur de thèse

Aurélien BESNARD,          Maître de Conférences, EPHE                                  Directeur de thèse

Eric PETIT,                        Directeur de Recherche, INRA                                  Rapporteur

Emmanuelle CAM,            Professeur, Univ. Toulouse 3, Paul Sabatier               Rapporteur

Anne-Caroline PREVOT,   Directeur de Recherche, CNRS                                  Examinateur

Olivier GIMENEZ,              Directeur de Recherche, CNRS                                   Examinateur

 

     
     
     
     
     

Soutenance de thèse - Bertrand BOUCHARD

Avis de Soutenance

Bertrand BOUCHARD

Soutiendra publiquement ses travaux de thèse intitulés
Etude Comportementale des Capacités Chimio-sensorielles des Cétacés

Soutenance prévue le Mardi 7 Novembre 2017 à 14h30
Lieu :
Amphithéâtre de la Délégation Régionale du CNRS, 1919 Route de Mende, 34293 Montpellier Cedex 5

Au cours d'une histoire évolutive singulière, les systèmes sensoriels des cétacés se sont adaptés à la vie en milieu aquatique. Aujourd’hui, alors que la littérature scientifique regorge de travaux sur leurs capacités acoustiques exceptionnelles, l’utilisation des sens chimiques par ces mammifères marins demeure encore largement méconnue. En effet, malgré quelques rares observations suggérant qu’ils pourraient détecter les composés sécrétés par leurs proies et leurs congénères, les arguments anatomiques et génétiques sont plutôt en faveur d’une régression voire d’une disparition de leurs capacités chémoréceptrices. Les cétacés auraient-ils perdu l’usage de ce canal sensoriel pourtant fondamental pour l’alimentation, la navigation et la reproduction chez les autres grands prédateurs marins ? L’objet principal de ma thèse était donc de déterminer si ces animaux sont capables de percevoir et d’utiliser les indices chimiques présents dans leur environnement en me basant principalement sur une approche comportementale. J’ai ainsi étudié les réactions des cétacés à dents (Odontocètes) et à fanons (Mysticètes) face à différents stimuli solubles ou volatiles, liés directement ou indirectement à leur alimentation. Après avoir mis en évidence, dans des conditions contrôlées, que le grand dauphin discrimine des extraits solubles de ses proies, j’ai développé un protocole permettant de mesurer la réponse des animaux (déplacements et comportements de surface) à des stimuli chimiques, dans leur milieu naturel. Des expériences en Méditerranée occidentale ont révélé que les grands dauphins et les globicéphales (Odontocètes) réagissent au sulfure de diméthyle (DMS), une molécule volatile émise dans les zones de forte productivité primaire. J’ai ensuite mesuré, chez la baleine à bosse (mysticète), la réaction au DMS et à des extraits de proies (krill) dans ses zones de reproduction (Océan Indien) et de nourrissage (Atlantique Nord et Antarctique). Les animaux exposés ont réagi par une augmentation de la fréquence respiratoire et, dans le cas de l’extrait de krill uniquement, par une attraction vers la source du signal (chemotaxis). Nos résultats comportementaux ayant mis en évidence une chémoréception fonctionnelle chez les cétacés, j’ai tenté dans un second temps d’identifier ses bases anatomiques et chimiques. Dans ce but, j’ai initié l’exploration des muqueuses orales et nasales par des techniques d’immunohistochimie, ainsi que l’analyse chimique de leurs sécrétions (urines et fèces) à la recherche de potentielles phéromones. Cette approche innovante et multidisciplinaire a permis de dévoiler l’implication des signaux chimiques dans l’écologie des cétacés. Au-delà de leur aspect fondamental, ces résultats pourraient trouver des applications concrètes pour la gestion et la conservation de ces espèces emblématiques et menacées.

 

Mots-clés : Ecologie comportementale, Chémoréception, Communication chimique, Cétacés, Mysticètes, Odontocètes

Composition du jury proposé 

Olivier Adam Professeur des Universités Université Pierre et Marie Curie Rapporteur
Vincent Ridoux, Professeur des Universités Université de La Rochelle Rapporteur
Anne Charmantier, Directrice de Recherche CNRS – CEFE Examinatrice
Benoist Schaal, Directeur de Recherche CNRS – CSGA Examinateur
Aurélie Célérier, Maître de Conférences Université de Montpellier Directrice de thèse
     
     
     

Soutenance de thèse - Vittoria MILANO

Avis de Soutenance

Vittoria Milano

Soutiendra publiquement ses travaux de thèse intitulés
Effets de la mosaïque paysagère proche, de l’histoire et des pratiques de gestion locales sur les communautés taxonomiques et fonctionnelles des Collemboles du sol des parcs urbains méditerranéens: les cas de Naples (Italie) et Montpellier (France).

Soutenance prévue le lundi 9 octobre à 14h
Lieu : 
Université Paul Valéry (site Saint Charles, salle des colloques 1)

L’urbanisation aboutit à une grande diversité environnementale, paysagère, historique des espaces verts en ville, avec également des pratiques de gestion très variées, qui, peuvent affecter la biodiversité qu’ils abritent. Or, la composante du sol reste très peu étudiée et les communautés de Collemboles présentes dans les parcs urbains constitue une thématique de recherche jusqu’à présent relativement ignorée. Si ces Arthropodes sont de petite taille (de l’ordre du millimètre), ils sont en effet très nombreux dans les sols et aujourd’hui reconnus comme de bons indicateurs pour le monitoring des sols.

Les effets de différents filtres abiotiques ont été testés en appliquant à la fois une approche taxonomique et fonctionnelle des communautés de Collemboles dans les parcs urbains de Naples et de Montpellier. La thèse se développe alors en trois axes correspondant à l’étude des effets:

- de la composition et fragmentation de la mosaïque urbaine proche

- des dynamiques temporelles propres aux parcs

- des pratiques de gestion courantes

L’analyse conduite à Montpellier a permis de mettre en évidence l’existence de plusieurs groupes homogènes de paysages auxquels étaient associées des structures de communautés différentes. En effet, les paysages urbains les plus hétérogènes favorisent le développement et le maintien de communautés mieux structurées et plus riches en espèces.

Par ailleurs, l’étude menée à Naples a montré que le maintien d’un couvert végétal spécifique et principalement boisé, conjointement à la présence de litière au sol, apparaissent comme les facteurs les plus importants pour permettre l’établissement de communautés mieux structurées et plus riches en espèces. Dans une moindre mesure, l’âge des parcs et le précédant usage du sol étaient également déterminants.

Enfin, une analyse fonctionnelle (étude de traits morphologiques et préférences de microhabitats) a été envisagée pour évaluer l’intensification de la gestion du sous-bois au sein des habitats boisés des parcs des deux villes. Un gradient abiotique clair a été observé. En revanche, contrairement aux hypothèses énoncées et à la littérature récente sur le sujet, les communautés de Collemboles étaient mieux discriminées du point de vue taxonomique que du point de vue fonctionnel. Il semblerait donc que l’intensification de la gestion du sous-bois ne soit pas un filtre environnemental imposant des changements dans les patterns de traits des espèces présentes.

Si d’un côté les études développées dans cette thèse apportent des connaissances fondamentales sur l’écologie des Collemboles présents dans les parcs urbains, de l’autre elles visent à intégrer ces résultats pour un développement plus durable en termes d’aménagement et de gestion des espaces verts urbains.

 

Mots clés : Collemboles, systèmes urbains, paysages, sols, bioindicateur, traits.

Composition du jury proposé 

 Pr. Antonietta FIORETTO Universita degli studi della Campania  Italie
 Dr. Marco MORETTI  WSL Institute  Suisse
 Pr. Thibaud DECAËNS  Université de Montpellier  France
 Dr. Flavia dE NICOLA  Universita degli studi del Sannio Benevento  Italie
 Dr. Fabrizio MONACI  Universita degli studi di Siena  Italie
 Dr. Céline PERNIN  Université Lille 1 France
Pr. Jérôme CORTET Université Paul Valéry Montpellier 3 France
Pr. Giulia MAISTO Universita degli studi di Napoli Federico II, Italie

Soutenance de thèse - Lionel Bonsacquet

Avis de Soutenance

Lionel Bonsacquet

Soutiendra publiquement ses travaux de thèse intitulés
CONSÉQUENCES DE LA NON PRISE EN COMPTE DE LA DÉTECTABILITÉ DES ESPÈCES DANS LES ANALYSES ACP ET AFC

Soutenance prévue le lundi 26 juin 2017 à 14h00
Lieu : 
salle de séminaire de l’IGMM

 

Composition du jury proposé 

 M. Stéphane Dray               Rapporteur  
 M. Jean-dominique Lebreton  Examinateur  
 M. Bruno Delesalle                        Président  
 M. Aurélien Besnard         Tuteur scientifique  
 M. Roger Prodon    Tuteur pédagogique  

 

Les analyses factorielles sont couramment utilisées en écologie pour analyser les données multivariées. Ces analyses fournissent des ordinations permettant de visualiser les principaux facteurs de variations au sein des données dans des graphiques en deux dimensions. Les tableaux regroupant les données d’abondances ou de présences de plusieurs espèces sur plusieurs sites peuvent être explorés à l’aide de ces analyses. Dans ces derniers cas cependant, la question des conséquences sur les résultats de ces analyses, de la non prise en compte du fait que la probabilité de détection des espèces sur le terrain est généralement inférieure à un lors de l’élaboration des tableaux de données, n’a jamais été clairement posée. Pour aborder cette question, je me suis concentré sur deux analyses factorielles classiques que sont les Analyses en Composantes Principales (ACP) et les Analyses Factorielle des Correspondances (AFC). Pour chacune des analyses, j’ai comparé les résultats obtenus à partir d’un tableau d’abondances simulé avec une probabilité de détection égale à un, avec ceux obtenus à partir du même tableau simulé cette fois avec des probabilités de détection inférieures à un. Je me suis limité aux cas où la probabilité de détection s’organisait selon un gradient, plus ou moins complexe, entre sites et entre espèces. Mes simulations montrent que les résultats des analyses sont dégradés par la non prise en compte de la probabilité de détection. Ces dégradations sont multifactorielles et sont donc variées. Les ordinations proposées par les analyses peuvent être le reflet, partiel ou total, de l’hétérogénéité de la probabilité de détection entre les espèces ou/et les sites. Aussi, certains facteurs de variations entre sites et espèces existant réellement peuvent ne plus apparaître dans les résultats des analyses sur les tableaux impactés par des probabilités de détection inférieures à un. L’application de telles analyses sur des tableaux d’abondances qui ne prennent pas en compte la probabilité de détection, peut donc mener à des conclusions erronées. Ceci me conduit à recommander fortement de prendre en compte la probabilité de détection en amont de ces analyses sur des tableaux d’abondances, par exemple à travers l’utilisation de méthodes telles que le Distance sampling ou le N–mixture. Ces travaux appellent aussi au développement de méthodes spécifiques combinant l’estimation de ces probabilités de détection et l’ordination des sites et des espèces.

Mots clés:
ACP, AFC, analyses multidimensionnelles, biais, dégradations, gradient, ordination, probabilité de détection.

Soutenance HDR - Aurélie CELERIER

Aurélie CELERIER

Maitre de conférences, Université de Montpellier - CEFE

Habilitation à Diriger des Recherches

Soutenance prévue le 11 Octobre 2017, à 14:00

Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive, Grande salle de réunion,

1919 Route de Mende, 34293 Montpellier

 

Comportement animal : tenter de joindre l’ultime au proximal Des Neurosciences … à l’Ecologie Comportementale 

Des COMMENT et des POURQUOI du comportement.

  

Résumé

Au travers d’études réalisées dans différents champs disciplinaires, incluant les Neurosciences et l’Ecologie Comportementale, j’essaierais de montrer comment je me suis attachée à répondre à certains questionnements ultimes et proximaux, concernant le comportement animal. Lors de cette soutenance, il sera ainsi question de mémoire, de stress, de perception chimique, de souris, de pétrels, de dauphins et de baleines. En revanche, il ne sera question ni de réchauffement climatique, ni de mammouths à poils laineux ou de gallinettes cendrées.

 

Composition du jury :

Aline BERTIN, Chargée de Recherche, INRA Val de Loire, UNIVERSITÉ de TOURS, Rapporteuse.

Isabelle CHARRIER, Chargée de Recherche, CNRS, NeuroPSI, UNIVERSITÉ PARIS SUD, Rapporteuse.

Ana RODRIGUES, Directrice de Recherche, CNRS, CEFE, MONTPELLIER, Rapporteuse.

Agnès FICHARD-CARROLL, Professeure des Universités, INM, UNIVERSITÉ MONTPELLIER, Examinatrice.

Benoist SCHAAL, Directeur de Recherche, CNRS, CSGA, UNIVERSITÉ de BOURGOGNE, Examinateur.

Soutenance de thèse - Alicia Dalongeville

Avis de Soutenance

Alicia Dalongeville

Soutiendra publiquement ses travaux de thèse intitulés
Variation génétique et persistance des populations en milieu marin: implications pour la conservation

Soutenance prévue le vendredi 22 septembre à 10h
Lieu :
Grande Salle de réunion du CEFE

Les écosystèmes marins sont soumis à des changements environnementaux rapides sous l’impact des pressions anthropiques croissantes qui menacent la persistance des espèces et des populations locales. Comprendre les effets de la variabilité génétique et des capacités de dispersion sur la persistance des espèces marines, est donc un enjeu majeur pour la conservation de la biodiversité. Mes travaux de doctorat répondent ainsi à deux objectifs principaux : (i) évaluer la distribution spatiale et les déterminants de la variation génétique de populations de poissons marins côtiers (ii) estimer les réponses des populations aux changements climatiques afin de mieux comprendre leur capacité de persistance.

J’ai d’abord montré, à partir d’une synthèse bibliographique réalisée sur 31 espèces de poissons méditerranéens, que les traits écologiques liés à la mobilité et à la taille des populations influencent fortement le niveau de diversité génétique intra-populationnelle des espèces. Ensuite, j’ai étudié les déterminants de la variation génétique spatiale à partir des données récoltées sur 727 individus de rouget de roche (Mullus surmuletus) issus de 72 sites autour la mer Méditerranée et regroupés en 47 groupes génotypés pour 1153 marqueurs SNP. Des analyses de génétique du paysage ont montré que la dispersion larvaire structure la variation génétique de l’espèce à moyenne et petite échelle spatiale (<1 000 km), alors que l’isolement géographique, possiblement dû à l’histoire démographique des populations ou à l’adaptation, est le principal facteur structurant à plus large échelle. Finalement, l’étude de la variation génétique adaptative de M. surmuletus réalisée à l’aide d’un criblage génomique a mis en évidence une potentielle réponse adaptative de l’espèce au gradient Est-Ouest de salinité en Méditerranée.

Dans un second temps, un modèle démo-génétique simulant la dynamique et la résilience des populations de coraux dans l’Indopacifique a montré qu’un mécanisme de « sauvetage évolutif » permet aux génotypes adaptés aux eaux les plus chaudes de diffuser entre les populations grâce à la connectivité larvaire. Ce mécanisme favorise la persistance des populations en permettant leur adaptation à des changements environnementaux qui conduiraient sans cela à des déclins, voir des extinctions locales.

Finalement, l’ensemble de ces travaux ont mis en évidence la nécessité de considérer la connectivité et le potentiel évolutif des espèces dans les stratégies de conservation, afin de maximiser leur capacité de résilience et de persistance à long terme en dépit des crises environnementales de plus en plus prononcées.

Mots clés : Ecologie marine, génétique du paysage, dynamique des populations, connectivité, changements climatiques, adaptation, mer Méditerranée, Mullus surmuletus, coraux.

Composition du jury proposé 

Dr Oscar PUEBLA        Junior Professor GEOMAR  Rapporteur
Dr Didier AURELLE       Maître de Conférences Aix-Marseille Université  Rapporteur
Dr Philippe LENFANT     Professeur     Université de Perpignan  Examinateur
Dr Carole KERDELHUE  Directrice de Recherche INRA  Examinatrice
Dr Stéphanie MANEL     Directrice d'Étude EPHE  Directrice de thèse
Dr David MOUILLOT       Professeur Université de Montpellier

Co-directeur de thèse

Soutenance de thèse - Marion COMPTOUR

Avis de Soutenance

Marion COMPTOUR

Soutiendra publiquement ses travaux de thèse intitulés
Entre pêche, agriculture, et commerce, jouer avec la variabilité écologique et sociale : Dynamique d’un système social-écologique dans les plaines inondables du fleuve Congo

Soutenance prévue le mardi 27 juin 2017 à 14h00
Lieu :
l’Amphithéâtre de la Délégation du CNRS

Composition du jury proposé 

 Mme Daou Véronique JOIRIS           Pr., Univ. Libre de Bruxelles                             Rapporteure
 M. Oliver COOMES                       Pr., McGill University                           Rapporteur
 Mme Christine RAIMOND                 DR, PRODIG-CNRS                                       Examinatrice
 M. Serge BAHUCHET                   Pr., MNHN                                                 Examinateur
 M. Bernard GODELLE                        Pr., Univ. de Montpellier                            Examinateur
 M. Doyle McKEY                                 Pr., Univ. de Montpellier                            Directeur de thèse
 Mme Sophie CAILLON                      CR, CEFE-CNRS                                            Co-directrice de thèse                              

Les plaines inondables des grands fleuves tropicaux sont des milieux caractérisés par leurs inondations périodiques au rythme des crues et des décrues. La littérature est abondante à souligner l’aspect paradoxal de ces écosystèmes, entre milieux ‘productifs’, naturellement fertilisés par les dépôts d’alluvions, et milieux ‘contraignants’ et ‘risqués’. Les modes d’exploitation mis en place par les populations vivant dans les plaines inondables sont variés mais dans la majorité des cas, les populations combinent des activités agricoles avec des activités de pêche, de pastoralisme, de chasse, et d’extraction de produits forestiers ligneux et non ligneux. La complémentarité des activités de production est reconnue dans la plupart des études comme une adaptation permettant de valoriser la diversité des ressources naturelles aux différents stades d’inondation, mais cette pluriactivité est rarement examinée en détail. En adoptant une démarche interdisciplinaire, systémique et diachronique, ce travail de thèse vise à démontrer en quoi la pluriactivité favorise l’adaptation des populations à un environnement fluctuant dont la dynamique peut s’observer à trois échelles de temps : l’échelle saisonnière, l’échelle historique du ‘temps long’, et l’échelle de la vie de l’individu. Ce travail repose sur des entretiens ethnographiques, sur la collecte de données éco-hydrologiques, et sur des analyses du paysage réalisés pendant une période de terrain de huit mois dans le village de Mossaka dans la région de la Cuvette congolaise du bassin du Congo. Nous montrons dans un premier temps que l’association spatiale et temporelle d’une multiplicité de techniques de pêche, de plusieurs systèmes agricoles (agriculture sur champs surélevés et agriculture de décrue) dans lesquels est plantée une riche agrobiodiversité ainsi que de nombreuses autres activités dépendantes ou non des ressources naturelles, permettent aux habitants de Mossaka de s’adapter à la variabilité saisonnière du niveau d’eau. Ensuite, en reconstituant la diachronie du système social-écologique, nous regardons comment les différentes activités de subsistance et leur importance relative ont évolué depuis la période précoloniale et nous identifions les principaux leviers de changements. Nous décrivons plus particulièrement les changements démographiques, écologiques, économiques et sociaux qui ont conduit à l’adoption rapide de l’agriculture de décrue depuis une trentaine d’années. Enfin, en analysant les récits de vie de plusieurs habitants de Mossaka, nous montrons que la grande flexibilité des systèmes de subsistance pluriactifs des individus permet de répondre à différents enjeux et incertitudes notamment d’ordre social. Ce travail de thèse constitue un apport au faible nombre d’études qui regardent de manière intégrée les différentes activités composant les systèmes de subsistance en plaines inondables et se prononce en faveur d’une meilleure reconnaissance de la pluriactivité et également de la diversité sociale. Ce travail participe aussi à une meilleure compréhension de la région de la Cuvette congolaise qui, malgré son rôle écologique et économique majeur, a jusque-là peu attiré les intérêts scientifiques.

Mots clés: Agriculture, bassin du Congo, Cuvette congolaise, ethnoécologie, pêche, plaine inondable, pluriactivité.