Soutenance de thèse : Charlotte Bigard

Avis de Soutenance

Charlotte Bigard

Soutiendra publiquement ses travaux de thèse intitulés

Eviter-Réduire-Compenser : D’un idéal conceptuel aux défis de mise en œuvre. Une analyse pluridisciplinaire et multi-échelle

Soutenance prévue le lundi 18 juin 2018 à 14h
Lieu : Amphithéâtre de la délégation régionale du CNRS

 

Résumé :

Le territoire est le support d’interactions entre les êtres vivants et leur espace de vie. Parmi ces interactions, il est aujourd’hui reconnu que les activités anthropiques sont une cause déterminante de l’érosion de la biodiversité. Dans ce contexte, la séquence « Eviter-Réduire-Compenser» (ERC) est un instrument réglementaire visant l’absence de perte nette de biodiversité (no net loss) en aménagement du territoire. Or, il semblerait qu’elle ne permette pas de remédier à la perte chronique de biodiversité. Au-delà de ses limites pratiques et théoriques, parmi les causes de cette inefficacité on peut mentionner : la focalisation sur la « compensation » et sur l’échelle « projet » ou encore la convergence des études vers la problématique des grands projets d’aménagement.

Ainsi, en partant de questions issues du terrain, en adoptant une posture à l’interface entre recherche et action, et en choisissant une démarche pluridisciplinaire, cette thèse repose sur l’hypothèse que les difficultés actuelles sont liées à des défis scalaires et qu’un changement d’échelle spatiale, temporelle et fonctionnelle est nécessaire pour permettre à l’instrument de prétendre à son objectif. A travers une analyse qualitative et quantitative de l’application de la séquence ERC dans le cadre de petits projets d’aménagement, nous identifions une série de limites associées à l’échelle « projet ». Ceci nous amène à analyser, tout d’abord théoriquement puis empiriquement grâce à l’étude de collectivités territoriales responsables de la planification de l’aménagement, les implications d’un changement d’échelle vers une mise en œuvre de la séquence ERC à l’échelle territoriale et stratégique de la planification. Enfin, nous conduisons une réflexion sur l’élaboration d’une démarche méthodologique d’anticipation de la séquence ERC dès la planification, appliquée au cas concret de Montpellier Méditerranée Métropole.

In fine, ces recherches nous permettent d’apporter des compléments de réponse à la question des fins effectives de l’instrument : éviter ou plutôt légitimer la perte de biodiversité ? Nos propositions et perspectives pour les praticiens et les chercheurs vont dans le sens d’une mise en œuvre de la séquence ERC plus en phase avec son objectif de no net loss.

Mots-clés : séquence ERC, aménagement du territoire, planification, biodiversité, absence de perte nette

Abstract:

Territory provides the support for interactions between humans avec their living environment. Among these interactions, it is well known that anthropic activities are a major cause of biodiversity erosion. In this respect, the mitigation hierarchy (avoidance, reduction and offsetting impacts) is a regulatory tool whose objective is to achieve a “no net loss” of biodiversity following urban development. However, the efficiency of the tool is questioned because of its practical and theoretical limits, and the recurring focus on biodiversity offsets and on the “project” scale, or the convergence of studies on large development projects.

Based on questions arising from practical action and by adopting a multi-disciplinary approach and posture at the knowledge-action interface, this thesis hypothesizes that the current lack of efficiency is the result of a problem of scale and that a temporal, spatial and functional switch in scale could help the mitigation hierarchy to reach its objectives. Through quantitative and qualitative analysis of the mitigation hierarchy implementation for small-scale development projects, we identify a set of limits associated with studies done at scale of individual projects. These findings illustrate the need to upscale towards a territorial and strategic approach to the implementation of the mitigation hierarchy. Finally, we initiate a reflexion on the development of a methodological framework to anticipate the mitigation hierarchy implementation at the urban planning stage, and we test it on the Montpellier metropolitan territory.

Finally, these research studies provide new answers to the question of the effective purpose of the tool: is its aim to avoid or legitimise biodiversity loss? Our propositions and perspectives for practitioners and scientists are in line with a mitigation hierarchy implementation that is more likely to reach no net loss objectives.

Key words: mitigation hierarchy, urban development, land use planning, biodiversity, no net loss

Membres du jury :

Denis COUVET Professeur des Universités, MNHN Rapporteur
Pascal MARTY Professeur des Universités, ENS Lyon Rapporteur
Isabelle ARPIN Sociologue, IRSTEA Grenoble Examinatrice
Audrey COREAU Chef du département Stratégies nationales et européennes, AFB Examinatrice
John D. THOMPSON Directeur de Recherche, CEFE - CNRS Directeur de Thèse
Sylvain PIOCH Maître de conférences, Université Paul-Valéry-Montpellier - CEFE Co-Directeur de Thèse
Fabien BLASCO Directeur Innovation politiques Contractuelles & SIG, Montpellier Méditerranée Métropole Membre invité
Eric VINDIMIAN Membre de l’Autorité environnementale, Ministère de la Transition écologique et solidaire Membre invité
     

Soutenance de thèse - Gilles Maurer

Avis de Soutenance

Gilles Maurer

Soutiendra publiquement ses travaux de thèse intitulés

Conservation de l’éléphant d’Asie (Elephas maximus) par l’étude des interactions entre humains et populations sauvages et semi-captives d'éléphants : une approche intégrée des dimensions démographiques, génétiques, économiques et socioculturelles

Soutenance prévue le mardi 19 juin 2018 à 9h
Lieu : Amphithéâtre de la délégation régionale du CNRS

 

Résumé :

Depuis des millénaires, l’éléphant d’Asie joue un rôle important dans la culture, l’économie et la construction des pays asiatiques. Près d’un quart de la population de cette espèce emblématique et menacée est constituée d’éléphants dits captifs. Toutefois, les législations nationales comme les programmes de conservation ont tendance à traiter séparément les populations captives et sauvages. Au Laos et au Myanmar, la tradition d’élevage par les villageois et les interactions entre éléphants sauvages et éléphants de villages perdurent. L’objectif de cette thèse est de qualifier et quantifier ces interactions afin de mieux comprendre leurs dynamiques et leurs rôles dans la survie de l’espèce. Je me suis attaché à décrire les facteurs déterminant le système socio-écologique humain / éléphant de village / éléphant sauvage et sa résilience à travers une approche interdisciplinaire et intégrative. Une étude ethnoécologique a permis d’analyser l’évolution récente du système socio-écologique homme-éléphant au Laos et ses conséquences sur les relations humain-éléphant, les pratiques d’élevage et la perception de l’espèce chez les propriétaires d’éléphants. L'émergence depuis les années 2000 de la marchandisation de la nature et la restriction de l'accès aux forêts a conduit, d’une part, à la ségrégation entre éléphants sauvages et éléphants de villages, et d’autre part, à l’intensification de l'élevage de ces derniers. Or, la tolérance des communautés à la présence des éléphants sauvages semble liée au principe de réciprocité. Ainsi, les propriétaires ayant accès aux mâles sauvages pour féconder leurs femelles acceptent leur présence contrairement aux cornacs engagés dans le débardage du bois. J’ai ensuite construit un modèle bio-économique pour quantifier les effets des stratégies socio-économiques sur la viabilité à long terme de la population d’éléphants de villages du Laos. J’ai montré que la fécondité est impactée en premier lieu par la dynamique de la population sauvage à travers la reproduction entre femelles de villages et mâles sauvages. En second lieu, le taux de fécondité dépend de l’intérêt financier des propriétaires à faire de la reproduction. Ainsi la viabilité de la population est fortement dépendante des conditions socio-économiques sur le court terme et de l’efficience de la conservation des populations sauvages sur le long terme. Une étude de génétique des populations a montré que la diversité génétique des populations sauvages et de villages était élevée et que ces populations constituaient un ensemble homogène au Laos et au Myanmar. L’isolement des populations sauvages et la ségrégation croissante des populations de villages engendreront un appauvrissement génétique sur le long terme qu’il est possible de limiter par des mesures de gestion favorisant les flux de gènes au niveau régional et entre les deux populations. Ces études illustrent que la résilience du système socio-écologique est la résultante de multiples facteurs agissant à différents niveaux ou échelles, dont les effets sont parfois opposés. Cette thèse permet enfin de discuter des conditions de la résilience et de la viabilité à long terme du système socio-écologique humain-éléphant et d’explorer différents scénarios futurs en s’interrogeant également sur le possible processus de domestication de l’espèce.

Mots-clés : Elephas maximus, système socio-écologique, domestication, conservation, interactions, Laos

Membres du jury :

M. Pierre LE ROUX Université de Strasbourg Rapporteur
Mme Anne LOISON Université Savoie Mont Blanc Rapportrice
Mme Beatriz  ARROYO LOPEZ Instituto de Investigacion en Recursos Cinegeticos (IREC) Examinatrice
Mme Ana S.L  RODRIGUES Centre d'Ecologie Fonctionnelle et Evolutive UMR 5175 Examinatrice
M. Charles STEPANOFF Laboratoire d’anthropologie sociale - EPHE Examinateur
M. Olivier GIMENEZ CEFE UMR 5175 Directeur de thèse
M. Finn KJELLBERG CEFE UMR 5175 Co-directeur
M. Nicolas LESCUREUX CEFE UMR 5175 Co-directeur
M. Baptiste MULOT ZooParc de Beauval Invité

Soutenance de thèse - Sandra GUERIN

Avis de Soutenance

Sandra Guérin

Soutiendra publiquement ses travaux de thèse intitulés
Méthodes d’étude et modélisation de la dynamique de population du triton marbré (Triturus marmoratus) dans le cadre du projet de construction d’une infrastructure de grande ampleur en zone bocagère dans l’ouest de la France

Soutenance prévue le vendredi 15 décembre à 14h30
Lieu : Grande salle de réunion du CEFE

Résumé :

La perte d’habitat et la fragmentation sont les principales causes de déclin des amphibiens en Europe de l’ouest. Malgré les réglementations mises en place concernant la construction de nouvelles infrastructures, le manque de connaissances fondamentales concernant les espèces et leurs habitats rendent difficiles l’évaluation des impacts ainsi que la mise en place de solutions efficaces pour conserver la biodiversité. En se basant sur l’exemple du triton marbré (Triturus marmoratus), espèce protégée présente dans l’ouest de la France, ce travail vise à évaluer la pertinence des méthodes de terrain et de modélisation disponibles pour la récolte des données nécessaires à la caractérisation de la dynamique des populations chez cette espèce. Pour ce faire, deux populations de tritons marbrés (Loire Atlantique et Vendée) ont été étudiées grâce à des techniques de comptages à la lampe, piégeage, utilisation d’épuisettes avec un suivi intensif par capture-marquage-recapture (CMR), complété par la méthode de l’ADN environnemental (ADNe).

Dans une première partie ce travail a permis de montrer que dans le cadre de la caractérisation quantitative de la dynamique d’une population, les informations apportées par la CMR sont les plus fiables. Ceci est notamment dû au taux de détection faible et hétérogène dans l’espace et dans le temps du triton marbré, qui ne permet pas aux autres méthodes s’en affranchissant de produire des résultats reproductibles et transposables. L’ADNe est la méthode permettant d’estimer l’occurrence le plus efficacement mais la possibilité d’une utilisation pour estimer des abondances absolues voire des abondances relatives reste du domaine des  perspectives prometteuses mais non abouties à ce jour. Dans un second chapitre, nous avons montré comment les récentes avancées méthodologiques dans les approches de modélisation permettent de déterminer le temps passé par une espèce sur un site grâce aux données de CMR. Ces méthodes ont été appliquées au triton marbré pour mettre en évidence une phénologie particulière avec des individus arrivant et repartant du site de reproduction de manière non simultanée et n’occupant chacun la mare qu’une partie de la période de reproduction.

L’ensemble de ces résultats permettent de définir un cadre méthodologique adapté pour  développer un suivi dans le temps des mesures de compensation envisagées dans le cadre du projet de construction, mais aussi pour le suivi des populations d’urodèles en général.

Membres du jury :

M. Romain Julliard 

Professeur MNHN  Rapporteur 
 M. Pierre Joly  Professeur Université de Lyon  Rapporteur
 M. Pierre-André Crochet  Directeur de Recherche CNRS  Examinateur
 M. Aurélien Besnard  Maitre de Conférences EPHE HDR  Directeur de Thèse
 M. Damien Picard  Maitre de Conférences Université d’Angers  co-encadrant invité
     

Soutenance de thèse - Pauline BRISTIEL

Avis de Soutenance

Pauline BRISTIEL

Soutiendra publiquement ses travaux de thèse intitulés
Variabilité intraspécifique des stratégies adaptatives à la sécheresse d’une graminée pérenne (Dactylis glomerata L.): les compromis fonctionnels des traits aériens et souterrains peuvent-ils expliciter le compromis entre potentiel de croissance et survie au stress ?

Soutenance prévue le mardi 28 novembre à 14h00
Lieu : Amphithéâtre de la Délégation Languedoc-Roussillon du CNRS

Résumé : Les risques de sécheresse sévère augmentent sous l’effet du changement climatique. Mieux comprendre les stratégies adaptatives des plantes au stress hydrique est ainsi l’un des défis majeurs de la recherche écologique et agronomique. Cette thèse explore la survie à la sécheresse d’une graminée herbacée pérenne (Dactylis glomerata L.) en étudiant la variabilité intraspécifique des traits aériens et souterrains d’une quinzaine de populations natives et cultivées issues d’un gradient latitudinal allant de la Scandinavie au Maroc. Une caractérisation des populations en conditions optimales sur une année a montré une coordination phénologique des traits aériens en relation avec les limitations saisonnières de croissances liées à l’origine des populations. Le rythme de croissance au printemps et à l’automne ne discrimine pas les origines, alors que la dormance estivale des populations méditerranéennes s’oppose à la dormance hivernale des populations scandinaves. Ces résultats suggéraient l’existence d’un compromis entre survie à une déshydratation sévère (sécheresse, gel) et potentiel de croissance. Alors que ce compromis a été vérifié en été (sècheresse sévère à Montpellier) et en hiver (gel en Norvège), la survie à une déshydratation de contre-saison au printemps n’est pas corrélée au potentiel de croissance des populations. Les résultats invalident donc l’existence d’un compromis constant entre survie au stress et potentiel de croissance aérienne. Ce découplage chez le dactyle permet d’envisager la sélection artificielle, à partir de la variabilité intraspécifique existante, de variétés à la fois productives et tolérantes au stress hydrique. L’imposition d’une déshydratation édaphique sévère en pots limitant l’expansion du système racinaire a montré que les populations méditerranéennes survivent mieux que les populations tempérées ou nordiques. L’association de ces résultats avec ceux issus d’une expérimentation en longs tubes favorisant le développement potentiel des racines révèle un compromis entre les stratégies d’évitement de la déshydratation (acquisition de l’eau et maintien de la croissance) et de tolérance à la déshydratation (faible croissance et forte survie à la sécheresse) qui pourrait limiter la combinaison de stratégies adaptatives au sein d’un même phénotype. Cette thèse contribue à améliorer notre compréhension des compromis fonctionnels, peu étudiés à l’échelle intraspécifique, mais qui sous-tendent la réponse des plantes à la sécheresse.

Abstract: Drought risk increases with climate change. Improving our understanding of the adaptive mechanisms of plants response to drought has thus become one of the major challenges of ecological and agronomical research. This work investigates the drought survival of a perennial herbaceous species (Dactylis glomerata L.) through the intraspecific variability of above and below ground traits expressed by fifteen native and cultivated populations originating from a large latitudinal gradient, from Scandinavia to Morocco. Population traits characterization across one year under optimal growth conditions showed phenological coordination of above ground traits associated with seasonal growth limitations according to the origins of the populations. The spring growth rhythm does not discriminate origins while the summer dormancy of Mediterranean population contrasts with the winter dormancy of Scandinavian populations. These results suggested a growth-dehydration stress survival trade-off. Although this trade-off was confirmed in summer (severe drought in Montpellier) and winter (severe frost in Norway), no correlation was found between an off-season (spring) drought stress survival and populations’ growth potential. The result invalidates the existence of a constant trade-off between stress survival and aerial growth potential. This apparent decoupling in cocksfoot could be considered to produce new cultivars with both high productivity and high drought tolerance, from existent intraspecific variability. A severe dehydration stress imposed on plants grown in short pots, limiting roots expansion, showed that Mediterranean populations survived better than temperate or Nordic populations. In association with a long tube experiment allowing full expression of roots development, this result revealed a functional trade-off between dehydration avoidance (water acquisition and growth maintenance) and dehydration tolerance (low growth and high drought survival) which could limit the combination of adaptive strategies in a single phenotype. This work contribute to improve our knowledge about functional trade-offs, few studied within species, that underpin plant response to drought stress.

 Mots clés:

Agroécologie, compromis écophysiologique, adaptation à la sécheresse, variabilité intraspécifique, domestication

Key words:

Agroecology, ecophysiological trade-off, drought adaptation, intraspecific variability, domestication

 

 Membres du jury :

Mme Florence VOLAIRE, Chargée de recherche, INRA-CNRS

 

Directeur de thèse

Mme Catherine PICON-COCHARD, Directrice de recherche, INRA

 

Rapporteur

Mme Isabelle LITRICO, Chargée de recherche, INRA

 

Rapporteur

M. Sylvain DELZON, Directeur de recherche, INRA

 

Examinateur

M. Stephan HATTENSCHWILER, Directeur de recherche, CNRS

 

Examinateur

M. Cyrille VIOLLE, Chargé de recherche, CNRS

 

Co-encadrant de thèse

 

 

Soutenance de thèse - Nina JOFFARD

Avis de Soutenance

Nina Joffard

Soutiendra publiquement ses travaux de thèse intitulés

Diversification des orchidées méditerranéennes : niches de pollinisation, évolution des traits floraux et taxonomie intégrative

Soutenance prévue le lundi 18 décembre à 14h
Lieu : Amphithéâtre de la délégation régionale du CNRS

Résumé :

Les interactions avec les pollinisateurs font partie de la niche écologique des orchidées et ont probablement joué un rôle dans leur diversification taxonomique et florale. Au cours de cette thèse, je me suis intéressée à l’évolution des interactions orchidées-pollinisateurs et des traits floraux chez les orchidées euro-méditerranéennes. Dans un premier chapitre, j’ai étudié l’architecture du réseau orchidées-pollinisateurs et démontré que la similarité de niches de pollinisation entre espèces d’orchidées était fonction de leur distribution spatio-temporelle, suggérant un certain opportunisme dans les interactions orchidées-pollinisateurs. Dans un deuxième chapitre, je me suis intéressée au rôle des pollinisateurs dans l'évolution des traits floraux dans deux groupes d’orchidées aux stratégies de pollinisation contrastées. Dans le groupe Anacamptis coriophora, j’ai démontré une différentiation en termes de traits floraux et de niches de pollinisation entre A. coriophora, A. fragrans et A. coriophora var. martrinii, ainsi qu’une sélection divergente sur les composés dominants dans l’odeur florale chez A. coriophora et chez A. fragrans. Dans la section Pseudophrys, j’ai démontré que l'évolution de l'odeur florale était conditionnée non seulement par les pollinisateurs, mais aussi par la phylogénie. Ces résultats suggèrent que dans ces deux groupes aux stratégies de pollinisation mutualiste et généraliste versus antagoniste et spécialiste, les pollinisateurs ont joué un rôle majeur dans l’évolution des traits floraux en tant qu’agents de sélection, bien que d’autres facteurs (e.g. contraintes phylogénétiques) soient également intervenus dans cette évolution. Enfin, dans un troisième chapitre, j’ai mis au point une démarche de taxonomie intégrative basée sur des données moléculaires, morphométriques et chimiques dans deux groupes d’orchidées du genre Ophrys. A l’aide de cette démarche, j’ai confirmé le rang taxonomique des trois espèces du groupe O. insectifera et proposé de fusionner deux paires d’espèces (O. bilunulata/O. marmorata et O. funerea/O. zonata) parmi les douze taxa de Pseudophrys décrits en France métropolitaine. Une meilleure compréhension des facteurs qui façonnent la niche de pollinisation et du rôle de cette niche dans la diversification taxonomique et florale des orchidées euro-méditerranéennes devrait nous permettre d’améliorer la conservation de ces espèces à enjeux.

Mots-clés : réseaux plantes-pollinisateurs, adaptation, spéciation, phylogénie moléculaire, morphométrie, écologie chimique

Membres du jury :

Mme Isabelle Dajoz   professeure des universités à l'Université Paris 7   rapportrice
M. Marc Gibernau  chargé de recherche CNRS  rapporteur
Mme Agnès Mignot  professeure des universités à l'Université de Montpellier 2  examinatrice
M. Florent Martos  maître de conférence au Muséum National d'Histoire Naturelle  examinateur
Mme Claudine Montgelard  maître de conférence à l'EPHE  directrice de thèse
M. Bertrand Schatz  directeur de recherche CNRS  co-directeur de thèse

Soutenance de thèse - Gaël Ulrich DIPELET BOUKA

Avis de Soutenance

 Monsieur Gaël Ulrich DIPELET BOUKA

EERGP- Ecologie, évolution, ressources génétiques, paléobiologie

Soutiendra publiquement ses travaux de thèse intitulés

Structuration de la biodiversité des forêts africaines et changements climatiques Une étude à travers le genre Khaya (Meliaceae)

thèse dirigée par Doyle McKey et Joël Loumeto, encadrée par Charles Doumenge

Soutenance le mardi 12 décembre 2017 à 14h30

Lieu : Avenue Agropolis 34398 Montpellier Cedex 5 Salle : Amphithéâtre Jacques Alliot CIRAD Montpellier Composition du jury M. Pete LOWRY Missouri Botanical Garden

Composition du jury


M. Pete LOWRY Missouri          Botanical Garden                          Rapporteur
Mme. Pauline GARNIER-GERE  INRA                                            Rapporteur
Mme. Sophie NADOT                Paris Sud                                     Examinateur
M. Jacques DAVID Montpellier   SupAgro                                       Examinateur
M. Doyle McKey                       Université de Montpellier/CEFE      Co-directeur
M. Joël LOUMETO                    Université Marien NGOUABI          Co-directeur
M. Charles DOUMENGE CIRAD                                                    Invité (Encadrant)


Mots-clés : Biodiversité, Changement climatique, Forêts tropicales humides africaines, Khaya, Meliaceae

RESUME

Des études paléoécologiques suggèrent que la composition floristique, la structure et la répartition actuelle des forêts denses africaines ont été influencées par divers facteurs. En particulier, la mise en place de gradients écologiques à l’échelle du continent, depuis plusieurs millions d’années, a favorisé des événements de spéciation parapatrique. Lors des changements climatiques passés, certaines régions qualifiées de « refuges forestiers » auraient été peu ou pas affectées par les variations climatiques, alors que les écosystèmes entre ces régions auraient été plus ou moins profondément remaniés, favorisant une spéciation allopatrique des espèces forestières. En Afrique l’identification des refuges forestiers et leur rôle dans la spéciation et dans la configuration des patrons de répartition géographique de la diversité génétique restent insuffisamment documentés.
Cette problématique est abordée ici à travers le genre Khaya (Meliaceae), un genre modèle dont les espèces présentent des affinités écologiques variables. Ce travail multidisciplinaire, qui mobilise des approches botanique, phylogéographique et génétique de populations a pour objectifs (1) de préciser les limites taxonomiques des espèces de ce genre et de comprendre les événements de spéciation ayant conduit à la distribution et à la structuration actuelles de ces dernières ; (2) d'analyser les patrons phylogéographiques de Khaya anthotheca et de K. ivorensis ; et (3) de tester la force de la relation entre les patrons de diversité génétique, les gradients écologiques et les refuges forestiers supposés du Plio-Pléistocène.
Nos résultats mettent en évidence les points suivants : (i) la présence de cinq groupes génétiques distincts dans le complexe K. anthotheca. L’analyse des caractères botaniques a conduit à l’identification des mêmes groupes, permettant de caractériser cinq espèces différentes. Trois de ces cinq espèces présentent des distributions allopatriques ou parapatriques, et deux d'entre elles se retrouvent localement en sympatrie, dont une espèce nouvelle pour la science ; (ii) un contraste entre les zones de forte diversité du génome nucléaire et celles du génome cytoplasmique de K. ivorensis, qui ne permet pas de séparer clairement les populations malgré la présence de deux clusters génétiques dus à un isolement par la distance ; et (iii) la reconnaissance et la description de neuf espèces au sein du genre Khaya. Toutes ces nouvelles connaissances permettent d’éclairer la structuration de la biodiversité des forêts africaines et de poser les bases d'une stratégie de conservation et de gestion durable de ces espèces, très recherchées tant pour leur bois que pour des usages médicinaux.

ABSTRACT

Paleoecological studies suggest that the floristic composition, the structure and the current distribution of African dense tropical forests have been influenced by several factors. In particular, the establishment of ecological gradients at the scale of the continent over the last several million years has favored parapatric speciation events. Also, during past climatic changes, certain regions considered to be « forest refugia » are supposed to have been little (or not) affected by climatic variations, whereas ecosystems located between these regions were more or less profoundly modified, favoring allopatric speciation of forest species. Gaps remain in the identification of forest refugia in Africa, and their role in speciation and in shaping patterns in the geographic distribution of genetic variation is insufficiently studied.
These questions are addressed here in a study covering the genus Khaya (Meliaceae), a model genus whose species present variable ecological affinities. This multidisciplinary study, which mobilizes botanical, phylogeographic and population genetics, has the following objectives: (1) to define the taxonomic limits of species of the genus and to understand the speciation events that led to their current distribution and the geographical genetic structuring of their populations ; (2) to analyze the phylogeographic patterns of Khaya anthotheca and of K. ivorensis ; and (3) to test the force of the relationship between patterns of genetic diversity, ecological gradients and putative Plio-Pleistocene forest refugia.
Our results show the following: (i) the presence of five distinct genetic groups within the K. anthotheca complex. Analysis of botanical characters led to identification of the same groups, permitting the characterization of five different species. Three of these present allopatric or parapatric distributions and two of them are locally found in sympatry, one of which is a species new to science ; (ii) a contrast between zones of high diversity of the nuclear genome and zones of high diversity of the cytoplasmic genome of K ivorensis, so that it is not possible to clearly separate the populations despite the presence of two genetic clusters owing to isolation by distance ; and (iii) the recognition and the description of nine species in the genus Khaya. All this new knowledge sheds light on the structuring of biodiversity of African forests and contributes to laying the foundation for a strategy of conservation and sustainable management of these species, greatly sought after not only for their timber but also because of their medicinal uses.

Soutenance de thèse - Julie FLUHR

Avis de Soutenance

Julie FLUHR

Soutiendra publiquement ses travaux de thèse intitulés
L
es stratégies de prospection alimentaire des vautours fauves (Gyps fulvus) et mesures de conservation.

Soutenance prévue le vendredi 24 novembre à 15h00
Lieu :
L'amphithéâtre de la Délégation Languedoc-Roussillon du CNRS

 

Se déplacer peut être appréhendé comme une façon de s’adapter aux conditions de l'environnement à diverses échelles spatio-temporelles. Je me suis intéressée aux comportements de prospection alimentaire du vautour fauve (Gyps fulvus), appartenant à la guilde fonctionnelle des nécrophages stricts, qui est la plus menacée parmi les oiseaux à l’échelle mondiale. Des plans de conservation ont été mis en place pour enrayer leur déclin, dont certaines mesures de gestion comme le soutien alimentaire (SA) peuvent constituer de véritables pièges évolutifs (des sites attractifs sous-optimaux) pour les vautours. A partir de l’analyse des déplacements, j’ai mis en évidence des différences intra- et inter-populationnelles en termes de stratégies d’occupation de l’espace et de recherche alimentaire chez les vautours fauves présents dans deux régions françaises où le SA est élevé (Causses) ou faible (Pyrénées). J’ai notamment montré que les visites des vautours aux sites de SA sont peu stéréotypées dans les Causses, tant au niveau spatial que temporel, alors que nous aurions pu présager du contraire vu la grande prévisibilité spatiale et parfois temporelle des ressources alimentaires. Malgré une utilisation de l’espace à large échelle très différente entre les Causses et les Pyrénées, ainsi qu’un budget temps différent (e.g. plus longue durée de vol dans les Causses), le budget énergétique diffère peu entre les deux populations. Au-delà du niveau de prévisibilité des ressources – inhérent au SA - j’ai identifié d’autres facteurs influençant vraisemblablement les prises de décision comportementales des individus : l’état motivationnel de l’individu lié à son statut de reproduction, et les conditions aérologiques locales. Inscrit à l’interface entre écologie comportementale et biologie de la conservation, mon travail de doctorat participe à une meilleure compréhension des patrons d’utilisation de l’espace et des processus en jeu à différentes échelles spatio-temporelles chez une espèce nécrophage stricte. Les acteurs de la conservation pourront s’appuyer sur mes résultats et propositions de gestion pour maintenir les comportements naturels des vautours, et à termes, la viabilité des populations.

Abstract: Moving can be comprehended as a response to environmental conditions at different spatio-temporal scales. During my PhD, I studied the foraging behaviour of Griffon vultures (Gyps fulvus) belonging to the functional guild of obligate scavengers, which are the most threatened birds worldwide. Conservation plans have been carried out to limit vultures’ decline. Nevertheless, implementing management practices such as supplementary feeding (SF) could attract vultures to suboptimal sites and lead to evolutionary traps. Analysing Griffon vultures’ movements from two French regions with high (Causses) and low (Pyrenees) SF, I found significant differences in foraging strategies and space use patterns. In particular, I showed that in the Causses region, vultures visited SF stations with low level of routine both spatially and temporally, contrary to what we expected given the high predictability of food resources at. Energy expenditures estimated at the population level are quite similar between the Causses and the Pyrenees regions despite distinct large-scale movement patterns as well as different time-budgets between the two populations (e.g. birds spend more time in flight in the Causses). Beyond the level of resources predictability - inherent to SF - I found that the individual’s motivational state related to its breeding status and local aerological conditions are likely to affect individuals’ behavioral decision-making. At the intersection between behavioral ecology and conservation biology, my work contributes to a better understanding of an obligate scavenger’s space use and processes involved at different spatio-temporal scales. Wildlife managers could use my results and the management recommendations I have made to maintain vultures’ natural behaviour and to ensure populations’ viability.

 

 Mots clés:

Ecologie du déplacement, Biologie de la conservation, Nécrophages stricts, Soutien alimentaire, Stratégies de prospection alimentaire, Comportements routiniers, Conditions environnementales, Budget-temps, Dépenses énergétiques, Vautours, Gyps fulvus

Key words:

Movement ecology, Conservation biology, Obligate scavengers, Supplementary feeding, Foraging strategies, Routine behaviours, Environmental conditions, Time-budget, Energy expenditure, Vultures, Gyps fulvus

 

 Membres du jury :

Beatriz ARROYO, Chargée de Recherche, IREC, Universidad de Castilla-La Mancha

Luca BORGER, Professeur, Swansea University

Charles-André BOST, Directeur de Recherche, Centre d’Etudes Biologiques de Chizé

Yann TREMBLAY, Chargé de Recherche, Institut de Recherche pour le Développement

Simon BENHAMOU, Directeur de Recherche, Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive

Olivier DURIEZ, Maître de Conférence, Université de Montpellier

Rapporteur

Rapporteur

Examinateur

Examinateur

Directeur de thèse

Co-directeur de thèse, Invité