Colloques, conférences et atelier

Vers un Pôle national de données de Biodiversité, infrastructure virtuelle pour des données FAIR

Le 18 juin à 11 h, dans le cadre des animations sur les thèmes "Biodiversité numérique" et "Cycle de vie des données", Yvan Le Bras (http://yvanlebras.github.io/) fera une présentation virtuelle intitulée "Vers un Pôle national de données de Biodiversité, infrastructure virtuelle pour des données Facile à trouver, Accessibles, Intéropérables et Réutilisables".

L'exposé, d'une durée de 30 minutes, aura lieu sur https://jitsi-cefe.cefe.cnrs.fr/seminaireYvanLeBras

Résumé :

L’infrastructure virtuelle de recherche PNDB (Pôle national de données de biodiversité) représente la première initiative française de construction d’une infrastructure virtuelle de mise à disposition des données de biodiversité pour la recherche. Le PNDB est inscrit sur la feuille de route du TGIR du système « Terre et Environnement » du MESRI depuis mars 2018 et participe très activement, dans le domaine de la Biodiversité, à l’effort national d’ouverture et de FAIRisation des données. A ce titre, sa construction en évolution rapide ambitionne de créer une réelle rupture dans le paysage de la recherche sur la biodiversité, ses dynamiques et ses interactions avec l’environnement, y compris les pressions anthropiques.

Soutenu par 11 partenaires, le PNDB a pour mission : 1/ de fédérer les approches existantes au niveaux de la production, qualification et circulation de données au sein des infrastructures de recherches « Terre Vivante » et 2/ de faciliter les flux de données, produits et services entre les compartiments « Terre Vivante » et « Terre solide et fluide » via un travail dédié, en lien avec l’infrastructure de recherche en cours de montage Data-Terra tout en 3/ assurant un haut niveau d’interopérabilité avec les systèmes d’informations « hors infrastructures de recherche » possédant / utilisant des données de biodiversité à savoir a) ceux des organismes de recherches et b) les systèmes d’informations fédérateurs de l’OFB.

Avec un cahier des charges s'articulant autour de 3 volets 1/ données et métadonnées, 2/ animation et accompagnement, 3/ outils de traitement, couplage et analyse de données, le PNDB proposera ses produits et services à partir de juillet 2020 en production et propose de présenter l'état des chantiers en cours, avec un focus particuliers sur les outils MetaShARK https://github.com/earnaud/MetaShARK-v2, package R Shiny de saisie de métadonnées, Metacat https://github.com/NCEAS/metacat/ Metacatui https://github.com/NCEAS/metacatui, portail de données/métadonnées développé par le NCEAS, et Galaxy-E https://ecology.usegalaxy.eu/, plateforme collaborative d'analyse de données.


Elie Arnaud, Coline Royaux, Julien Sananikone, Yvan Le Bras

PNDB team, UMS PatriNat, Muséum national d'Histoire Naturelle