Archives Thèses, HDR

Soutiendra publiquement ses travaux de thèse intitulés :

Coquillages et crustacés : dynamiques spatio-temporelles
de métacommunautés en eau douce

Le mercredi 27 novembre 2019 à 14 h
Amphithéâtre de la délégation du CNRS

Les variations de composition et d'abondances relatives dans les communautés biologiques résultent de nombreux processus : filtres environnementaux, interactions inter-spécifiques, dispersion et stochasticité. Le plus souvent, les empiristes essaient d'évaluer leur importance rela-tive sur la base des traces qu'ils laissent sur la structure spatiale des communautés. Cependant, ces traces sont souvent ambiguës. Les données temporelles (lorsque les échantillonnages sont répétés dans le temps) contiennent des informations sur l'histoire des communautés qui pourraient permettre de résoudre, du moins en partie, ces ambiguïtés. Dans ma thèse, je développe et explore des méthodes pour analyser les données spatio-temporelles afin de comprendre la dynamique d'un ensemble de communautés liées par la migration (métacommunauté). Ces méthodes ont été appliquées a trois jeux de données long-termes de métacommunautés d'organismes d'eau douce (escargots en Guadeloupe et Martinique, et Daphnie spp. en Finland). J'analyse dans un premier temps la métacommunauté d'escargots en Guadeloupe à l'aide d'approches fondées sur les processus (en utilisant les différentes dates d'échantillonage comme des réplicats) et de modèles d'estimations jointes de distributions d'espèces considérant explicitement la dépendance d'un échantillon au précédent. Cette approche montre comment les interactions interspécifiques, les filtres environnementaux et les dynamiques stochastiques de colonisation/extinction forment les variations spatio-temporelles de richesses spécifiques et de composition des communautés. Dans un second temps, je développe des modèles de métapopulation multi-espèces pour analyser des systèmes à deux ou trois espèces (Guadeloupe et Finlande). Les paramètres estimés sont ensuite utilisés dans des simulations pour analyser comment la compétition et les différences de niches contribuent à la coexistence. Dans les deux cas, bien que la compétition réduit de manière significative les cooccurrences au niveau local, cette dernière est loin d'être suffisante pour menacer la coexistence à l'échelle du paysage. L'exclusion régionale semble en effet nécessiter des niveaux de compétition particulièrement forts, notamment lorsque les dynamiques stochastiques de colonisation/extinction sont importantes. De telles conditions (interactions fortes et faible stochasticité) sont retrouvées dans le jeu de données Martinique (un ensemble de onze taxa fortement apparentés et à reproduction clonale habitant des rivières permanentes). Dans ce dernier cas, je développe une approche inspirée de la génétique des populations, pour inférer les hiérarchies compétitives le long d'une ou de deux dimensions, et comment ces hiérarchies varient dans l'espace et le temps pour expliquer les patrons d'exclusion et de coexistence. Pour conclure, ce travail montre que la dimension temporelle permet d'extraire de nombreuses informations sur les processus agissant aux échelles locale et régionale. A l'avenir, une perspective plus intégrative pourrait émerger de modèles de métacommunautés couplant de manière explicite les dynamiques locale et régionale.


Mots clefs : escargots, Daphnie, métacommunauté, colonisation/extinction, compétition, coexistence, données spatio-temporelles, détectabilité


        Membres du jury composé de

 Mme Sandrine PAVOINE               Maitre de conférences, MNHN – Paris Rapportrice
Mme Emmanuelle CAM Professeure, LEMAR – Brest   Rapportrice
Mme Sylvie HURTREZ-BOUSSES Professeure, MIVEGEC - Montpellier   Examinatrice
M. Olivier HARDY DR, EBE, ULB - Bruxelles   Examinateur
M. Patrice DAVID DR CNRS, CEFE - Montpellier   Directeur
M. Philippe JARNE DR CNRS, CEFE – Montpellier   Co-encadrant