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Avis de Soutenance

Alicia Dalongeville

Soutiendra publiquement ses travaux de thèse intitulés
Variation génétique et persistance des populations en milieu marin: implications pour la conservation

Soutenance prévue le vendredi 22 septembre à 10h
Lieu :
Grande Salle de réunion du CEFE

Les écosystèmes marins sont soumis à des changements environnementaux rapides sous l’impact des pressions anthropiques croissantes qui menacent la persistance des espèces et des populations locales. Comprendre les effets de la variabilité génétique et des capacités de dispersion sur la persistance des espèces marines, est donc un enjeu majeur pour la conservation de la biodiversité. Mes travaux de doctorat répondent ainsi à deux objectifs principaux : (i) évaluer la distribution spatiale et les déterminants de la variation génétique de populations de poissons marins côtiers (ii) estimer les réponses des populations aux changements climatiques afin de mieux comprendre leur capacité de persistance.

J’ai d’abord montré, à partir d’une synthèse bibliographique réalisée sur 31 espèces de poissons méditerranéens, que les traits écologiques liés à la mobilité et à la taille des populations influencent fortement le niveau de diversité génétique intra-populationnelle des espèces. Ensuite, j’ai étudié les déterminants de la variation génétique spatiale à partir des données récoltées sur 727 individus de rouget de roche (Mullus surmuletus) issus de 72 sites autour la mer Méditerranée et regroupés en 47 groupes génotypés pour 1153 marqueurs SNP. Des analyses de génétique du paysage ont montré que la dispersion larvaire structure la variation génétique de l’espèce à moyenne et petite échelle spatiale (<1 000 km), alors que l’isolement géographique, possiblement dû à l’histoire démographique des populations ou à l’adaptation, est le principal facteur structurant à plus large échelle. Finalement, l’étude de la variation génétique adaptative de M. surmuletus réalisée à l’aide d’un criblage génomique a mis en évidence une potentielle réponse adaptative de l’espèce au gradient Est-Ouest de salinité en Méditerranée.

Dans un second temps, un modèle démo-génétique simulant la dynamique et la résilience des populations de coraux dans l’Indopacifique a montré qu’un mécanisme de « sauvetage évolutif » permet aux génotypes adaptés aux eaux les plus chaudes de diffuser entre les populations grâce à la connectivité larvaire. Ce mécanisme favorise la persistance des populations en permettant leur adaptation à des changements environnementaux qui conduiraient sans cela à des déclins, voir des extinctions locales.

Finalement, l’ensemble de ces travaux ont mis en évidence la nécessité de considérer la connectivité et le potentiel évolutif des espèces dans les stratégies de conservation, afin de maximiser leur capacité de résilience et de persistance à long terme en dépit des crises environnementales de plus en plus prononcées.

Mots clés : Ecologie marine, génétique du paysage, dynamique des populations, connectivité, changements climatiques, adaptation, mer Méditerranée, Mullus surmuletus, coraux.

Composition du jury proposé 

Dr Oscar PUEBLA        Junior Professor GEOMAR  Rapporteur
Dr Didier AURELLE       Maître de Conférences Aix-Marseille Université  Rapporteur
Dr Philippe LENFANT     Professeur     Université de Perpignan  Examinateur
Dr Carole KERDELHUE  Directrice de Recherche INRA  Examinatrice
Dr Stéphanie MANEL     Directrice d'Étude EPHE  Directrice de thèse
Dr David MOUILLOT       Professeur Université de Montpellier

Co-directeur de thèse