Maurine VILCOT

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Doctorante

Étage 1 - Aile C - Bureau 114

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Google Scholar - ResearchGate - ORCID

Directrice de thèse: Stéphanie Manel (CEFE, EPHE - PSL)
Co-directeur : Fabien Leprieur (MARBEC)

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Projet de thèse : Sur la diversité à travers les échelles d'organisation biologique : un cas d’étude chez les poissons tropicaux

        Les échelles micro- et macro-évolutives sont régies par des forces évolutives similaires (dérive, dispersion et sélection), il est donc attendu que les patrons de diversité intra- et interspécifique soient liés. Ma thèse porte donc sur l'hypothèse d'un continuum de diversité à travers les différentes échelles d'organisation biologique. Plus précisément, j’explore les relations entre la diversité génétique au sein des espèces et la diversité spécifique au sein des communautés (species-genetic diversity correlations, SGDCs) chez les poissons tropicaux, dans le but d’avancer sur la compréhension des processus sous-jacents à la formation des communautés à travers les différents niveaux d’organisation de biodiversité.

De cette problématique générale s’articulent 3 objectifs de recherche :

  I.  Etudier l’impact de la dispersion sur la corrélation entre diversité génétique et diversité spécifique (SGDCs) chez les poissons des récifs coralliens (ANR-FNS REEFISH)
 II.  Explorer le rôle de la délimitation des communautés dans le continuum micro-macro : application à un poisson d’eaux profondes, Etelis coruscans (ANR SEAMOUNTS)
III.  Examiner le potentiel de l’ADN environnemental comme outil d’étude des patrons de diversité à travers les échelles d’organisation biologique

Mots-clés : génétique des populations, écologie des communautés, écologie marine, β-diversité, macrogénétique, ADNe

 

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Thesis project: On the diversity across scales of biological organization: a case study in tropical fishes

         Micro- and macro-evolutionary scales are governed by similar evolutionary forces (drift, dispersal and selection), so intra- and interspecific diversity patterns are expected to be linked. My thesis therefore addresses the hypothesis of a diversity continuum across different scales of biological organization. More specifically, I explore the relationships between genetic diversity within species and specific diversity within communities (species-genetic diversity correlations, SGDCs) in tropical fish, with the aim of gaining a better understanding of the processes underlying community formation across different levels of biodiversity organization.

From this general problem arise 3 research objectives:

  I.  Study the impact of dispersal on the correlation between genetic and specific diversity (SGDCs) in coral reef fish (ANR-FNS REEFISH)
 II.  Exploring the role of community delimitation in the micro-macro continuum: application to a deep-sea fish, Etelis coruscans (ANR SEAMOUNTS)
III.  Examine the potential of environmental DNA as a tool for studying patterns of diversity across scales of biological organization

Keywords: population genetics, community ecology, marine ecology, β-diversity, macrogenetics, eDNA

 

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Publications :

Chase, M. A., Vilcot, M., & Mugal, C. F. (2024). The role of recombination dynamics in shaping signatures of direct and indirect selection across the Ficedula flycatcher genome. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 291(2015), 20232382. https://doi.org/10.1098/rspb.2023.2382

Chase, M. A., Vilcot, M., & Mugal, C. F. (2024). Evidence that genetic drift not adaptation drives fast-Z and large-Z effects in Ficedula flycatchers. Molecular Ecology, n/a(n/a), e17262. https://doi.org/10.1111/mec.17262

Andrello, M., Manel, S., Vilcot, M., Xuereb, A., & D’Aloia, C. C. (2023). Benefits of genetic data for spatial conservation planning in coastal habitats. Cambridge Prisms: Coastal Futures, 1‑38. https://doi.org/10.1017/cft.2023.16

Vilcot, M., Albouy, C., Donati, G. F. A., Claverie, T., Julius, P., Manel, S., Pellissier, L., & Leprieur, F. (2023). Spatial genetic differentiation correlates with species assemblage turnover across tropical reef fish lineages. Global Ecology and Biogeography, 32(4), 535‑547. https://doi.org/10.1111/geb.13637

Morgan-Richards, M., Vilcot, M., & Trewick, S. A. (2021). Lack of assortative mating might explain reduced phenotypic differentiation where two grasshopper species meet. Journal of Evolutionary Biology, 35(4), 509‑519. https://doi.org/10.1111/jeb.13879

Hayden, L., Lochovska, K., Sémon, M., Renaud, S., Delignette-Muller, M.-L., Vilcot, M., Peterkova, R., Hovorakova, M., and Pantalacci, S. (2020). Developmental variability channels mouse molar evolution. ELife. https://doi.org/10.7554/eLife.50103

 

Julia DAYON

photo Julia Dayon

Doctorante EPHE - PSL

CIFRE avec le bureau d’études OGE (Office du génie écologique)

Ecole doctorale : EPHE

Etage 1, aile C, bureau 114

Encadrement: Claude Miaud (CEFE/EPHE) et Vincent Vignon (OGE)

Projet de thèse : « Etude de la conservation d’un amphibien menacé en France, le Pélobate brun (Pelobates fuscus) : habitat, démographie et génomique, une approche pluridisciplinaire pour évaluer la viabilité des populations. » 

J’utilise une approche pluridisciplinaire pour améliorer les connaissances sur le Pélobate brun, une des espèces d’amphibien les plus menacées en France, afin d’améliorer les stratégies de conservation. L’hypothèse de travail est que la viabilité de ses populations est potentiellement affectée par le fait qu’elles soient de petit effectif, isolées et en limite d’aire de répartition. Cette thèse a notamment pour objectif d’étudier la répartition de l’espèce par un travail de modélisation de niche (SDM), ainsi que d’appréhender la structuration et le niveau de diversité des populations par une approche génomique (SNP). J’étudie également l’utilisation de l’habitat terrestre de cette espèce méconnue, par l’utilisation couplée de la télémétrie et de pigments fluorescents. Pour finir, une étude CMR nous permet de collecter des données démographiques sur plusieurs populations. 

J’ai participé précédemment à des travaux sur la génétique de la conservation du phoque moine de Méditerranée (Monachus monachus) et sur le suivi du trafic de viande de brousse par l’outil génétique chez une espèce de porc-épic africain (Atherurus africanus).

Mots clefs : Sciences de la conservation - Vertébrés - Génétique - Démographie - Télémétrie - CMR - SDM

 

PhD project: "Conservation of an endangered amphibian in France, the common spadefoot toad (Pelobates fuscus): habitat, demography and genomics, a multidisciplinary approach to assess the viability of populations."

I am using a multidisciplinary approach to improve knowledge on Pelobates fuscus, one of the most threatened amphibian species in France, in order to develop efficient conservation strategies. Our hypothesis is that the viability of its populations might be affected by the fact that they are small, isolated and at the edge of their range. I study the distribution of the species using niche modelling (SDM), and I assess the genetic structure and the levels of diversity in populations with a genomic approach (SNP). I also study the use of the terrestrial habitat of this little-known species, using a combination of telemetry and fluorescent pigments. Finally, a CMR study allows us to collect demographic data on several populations. 

I have previously participated in a project on the conservation genetics of the Mediterranean monk seal (Monachus monachus) and on the monitoring of bushmeat trafficking using genetic tools in a species of African porcupine (Atherurus africanus).

 

Keywords : Conservation science - Vertebrates - Genetics - Demography - Telemetry - CMR - SDM

Publications :

Salmona, J., Dayon, J., Lecompte, E., Karamanlidis, A. A., Aguilar, A., Fernandez de Larrinoa, P., ... & Gaubert, P. (2022). The antique genetic plight of the Mediterranean monk seal (Monachus monachus). Proceedings of the Royal Society B289(1981), 20220846.

Dayon, J., Lecompte, E., Aguilar, A., Fernandez de Larrinoa, P., Pires, R., & Gaubert, P. (2020). Development and characterization of nineteen microsatellite loci for the endangered Mediterranean monk seal Monachus monachus. Marine Biodiversity50, 1-7.

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