Laurine Mathieu - PhD Student 2023/2026

Supervised by Anne Charmantier (CEFE-CNRS) and Samuel Caro (CEFE-CNRS)

Contact

CNRS - CEFE UMR5175, 1919 Route de Mende, 34283 Montpellier

Aile B Etage 2 Office 206

This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.

This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.

Project

The objective of this PhD project is to better understand how wild populations of great tits and blue tits are affected by urbanization and what mechanisms are involved in the observed phenotypic differences between urban and forest populations. This study will rely on the long-term population monitoring in urban and forest habitats established in Montpellier (CEFE TIT PROJECT) , as well as on comparative analyses with the city of Paris. The thesis will particularly explore physiological aspects that have not been studied thus far. Given the characteristics of the urban environment, which is more stressful and has higher temperatures, physiological adaptations to urban life are expected to be observed. Variations in the endocrine system between urban and forest environments will be studied, focusing on stress and reproductive hormones. Additionally, aspects of respirometry will be investigated, with the primary question being: do urban birds have a metabolism pre-adapted to high temperatures due to living in an urban heat island effect environment? In a second part, the project aims to dissect how urban phenotypic shifts are driven by genetic change or plasticity. To study this aspect, common garden experiments have been set up. Data from individuals raised under similar environmental conditions can be compared to wild individuals, thus observing whether phenotypic differences between urban and forest habitats are maintained or not.

More information: ACACIA Project

 Bio

• 2021-2023 Master in Biodiversity, Ecology and Evolution, Ecology, Evolution and Genomics (Lyon 1)
  • 2^nd year Master thesis: Genetic architecture and gene expression underlying sexual antagonistics traits in Gerromorpha - IGFL (Lyon) - supervised by Abderrahman Khila
  • 1^st year Master thesis: Cognitive abilities in relation to the reproductive success of great tits and ringed flycatchers - LBBE (Lyon)/ Gotland (Sweden) - supervised by Blandine Doligez & Laure Cauchard
• 2020-2021 Licence in Biodiversity (Lyon 1)
• 2018-2020 CPGE BCPST (Lyon)

Laurine Mathieu - PhD student 2023/2026

Supervised by Anne Charmantier (CEFE-CNRS) and Samuel Caro (CEFE-CNRS)

Contact 

CNRS - CEFE UMR5175

1919 Route de Mende, 34283 Montpellier

Aile B Etage 2 Office 206

This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.

This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.

Project

The objective of this PhD project is to better understand how wild populations of great tits and blue tits are affected by urbanization and what mechanisms are involved in the observed phenotypic differences between urban and forest populations. This study will rely on the long-term population monitoring in urban and forest habitats established in Montpellier (CEFE TIT PROJECT) , as well as on comparative analyses with the city of Paris. The thesis will particularly explore physiological aspects that have not been studied thus far. Given the characteristics of the urban environment, which is more stressful and has higher temperatures, physiological adaptations to urban life are expected to be observed. Variations in the endocrine system between urban and forest environments will be studied, focusing on stress and reproductive hormones. Additionally, aspects of respirometry will be investigated, with the primary question being: do urban birds have a metabolism pre-adapted to high temperatures due to living in an urban heat island effect environment? In a second part, the project aims to dissect how urban phenotypic shifts are driven by genetic change or plasticity. To study this aspect, common garden experiments have been set up. Data from individuals raised under similar environmental conditions can be compared to wild individuals, thus observing whether phenotypic differences between urban and forest habitats are maintained or not.

More information: ACACIA Project

Bio

• 2021-2023 Master in Biodiversity, Ecology and Evolution, Ecology, Evolution and Genomics (Lyon 1)
  • 2^nd year Master thesis: Genetic architecture and gene expression underlying sexual antagonistics traits in Gerromorpha - IGFL (Lyon) - supervised by Abderrahman Khila
  • 1^st year Master thesis: Cognitive abilities in relation to the reproductive success of great tits and ringed flycatchers - LBBE (Lyon)/ Gotland (Sweden) - supervised by Blandine Doligez & Laure Cauchard
• 2020-2021 Licence in Biodiversity (Lyon 1)
• 2018-2020 CPGE BCPST (Lyon)

Directeur de Recherche CNRS

luis-miguel.chevin[at]cefe.cnrs.fr

I am interested in adaptive evolution in response to changing environments: its ecological causes, phenotypic and genetic underpinnings, and demographic consequences. 

Directeur de recherche au CNRS

CEFE/CNRS
Campus du CNRS
1919, route de Mende
34293 Montpellier cedex 5

Tél : +33/0 4 67 61 33 10
Fax : +33/0 4 67 61 33 36
This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.

Mots clés

Discipline : Ecologie évolutive, Ecologie comportementale, Ecophysiologie
Thématiques : Biologie des populations, Traits d’histoire de vie, Changements environnementaux, Hétérogénéité de l’habitat
Organismes biologiques : Aves, Parus (Mésanges)
Milieux : Région méditerranéenne, Milieux forestiers
Techniques :  Suivi d’individus marqués dans le cadre d’un programme à long terme
Autres mots clés : Interactions entre espèces, Ressources, Climat

Directeur de Recherche / Senior scientist

I study the evolution of adaptive diversity, using colour patterns in butterflies as a model. In my group, we integrate many different approaches, including ecology, genetics, and modelling, to try and untangle how multiple factors influence the evolution and maintenance of diversity and polymorphisms.

This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.

Ingénieure de recherche, PhD

This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it. ;

This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.

Téléphone : (+33) (0)467 142 319
Portable : (+33) (0)761 288 871
Université Paul-Valéry Montpellier 3, Bâtiment Jean-Henri Fabre, route de Mende, 34199 Montpellier cedex 5

Areas of Research :

- Ecology and biology of dung beetles (Coleoptera: Scarabaeidae) in the Mediterranean region. Dung beetle assemblages, effect of landscape structure on the spatial distribution of Mediterranean dung beetle diversity. Studies on the degradation of animal dung under various anthropogenic constraints.

- Functional diversity and seasonal activity of dung beetles (Coleoptera: Scarabaeidae) in native grasslands in southern Alberta (Canada) in comparison with the Mediterranean region.

- Non-target effects to dung-dwelling insects of faecal residues in dung of cattle treated with endectocides. Development and standardization of test methods to evaluate the effects of veterinary medical products. Ecotoxicology. Conservation measures.

PUBLICATIONS

1. Lumaret J.-P., Kadiri N., Martínez-M.I. 2021. The Global Decline of Dung Beetles. Chapter 40021, pages 1-10, in: Imperiled: The Encyclopedia of Conservation”, an Elsevier Reference Collection in Earth Systems and Environmental Sciences. https://doi.org/10.1016/B978-0-12-821139-7.00018-0

2. Martínez M. I., Kadiri N., Gil Pérez, Y., Lumaret J.-P. 2018. Trans- and within-generational effects of two macrocyclic lactones on tunneler and dweller dung beetles: a case study. The Canadian Entomologist (accepted). The Canadian Entomologist, Published online: 8 August 2018, 150: 610-621 (2018). https://doi.org/10.4039/tce.2018.135
3. Lumaret J.-P. & Kadiri N. 2018. Les médicaments vétérinaires et leurs résidus: quels risques pour les organismes non cibles et le fonctionnement des écosystèmes? Bulletin des GTV, numéro special, pp. 33-40.

4. Lumaret J.-P., Kadiri N.2018.Ecotoxicité : les traitements antiparasitaires persistants, bioaccumulables et toxiques (PBT). Définitions et effets environnementaux. Bulletin des GTV. Numéro spécial 2018, pp. 33-40

5. MARTINEZ-M I., LUMARET J.-P., ORTIZ ZAYAS R., Kadiri N. 2017. The effects of sublethal and lethal doses of ivermectin on the reproductive physiology and larval development of the dung beetle Euoniticellus intermedius. The Canadian Entomologist, Published online: 10 April 2017, pp. 461-472. https://doi.org/10.4039/tce.201

6. Ghailoule D., Kadiri N., Lumaret J.-P. 2017.The short version of a long study: fifteen years of effort to control white grub pests (Coleoptera: Melolonthidae) and achieve the forest management objectives in the regeneration of the Mamora Forest in Morocco. Dugesiana 24(1): 47-56.

7. Ghailoule D., Kadiri N., Fegrouche R., Lumaret J.-P. 2017. Tests d’efficacité du carbosulfan sur la mortalité des larves (vers blancs) de Sphodroxia maroccana Ley (Coleoptera Melolontidae), ravageurs des jeunes plants de chène-liège dans la Mamora. Annales de la Recherche Forestière au Maroc. Tome 44 : 111-124.

8. Baliteau L., Kadiri N., Lumaret J.-P. 2017. Les bousiers de l’Aveyron (Coleoptera Scarabaeidae). Biologie et diversité en fonction des milieux. Les invertébrés dans la conservation et la gestion des espaces naturels, Actes du colloque de Toulouse du 13 au 16 mai 2015 (sous presse).

9. Lesieur V, Martin J-F, Weaver DK, Hoelmer KA, Smith DR, Morrill WL, Kadiri N, Peairs FB, Cockrell DM, Randolph TL, Waters DK, Bon MC., 2016. Phylogeography of the wheat stem sawfly, Cephus cinctus Norton (Hymenoptera: Cephidae): Implications for pest management. PLOS ONE | DOI:10.137 1/journal.pone.0168 370 December 13, 2016.

10. Echassoux A., Enriquez B., Gasparini J., Kadiri N., Lumaret J.-P., 2014. Recherche-action sur l’effet des médicaments antiparasitaires équins sur la biodiversité du sol en forêt dans la réserve de biosphère de Fontainebleau et du Gâtinais. Actes de la 40ème Journée de la Recherche Équine, le Pin au Haras, 18 mars 2014, pp 119-127

11. Fegrouche R., Kadiri N., Ghailoule D., Atay-Kadiri Z., Lumaret J.P., 2014. Environmental risk assessment of carbosulfan on target and non-target beetles when used as white grub larvicide in the cork oak forest of Mamora (Morocco). International Journal of Pest Management, 60 (1): 39-45.

12. Kadiri N.,Lumaret J.-P., Floate K.D., 2014. Functional diversity and seasonal activity of dung beetles (Coleoptera: Scarabaeoidea) on native grasslands in southern Alberta, Canada. The Canadian Entomologist, 146(3): 291-305.

13. Floate K.D., Kadiri N., 2013.- Dung beetles (Coleoptera: Scarabaeidae) associated with cattle dung on native grasslands of southern Alberta, Canada. The Canadian Entomologist, 145(6): 647-654.

14. Römbke J., Barrett K., Blanckenhorn W.U., Hargreaves T., Kadiri N., Knäbe S., Lehmhus J., Lumaret J.-P., Rosenkranz B., Scheffczyk A., Sekine T., 2010.  Results of an international ring test with the dung fly Musca autumnalis in support of a new OECD test guideline. Science of the Total Environment, 408: 4102-4106.

15. Janati-Idrissi A., Kadiri N., Lumaret J.-P.,- Le partage du temps et de l'espace entre les guildes de Coléoptères coprophages dans le Moyen-Atlas (Maroc). Ann. Soc. Entomol. Fr., 35: 213-221

16. Kadiri N., Lumaret J.-P., Janati-Idrissi A., 1999.- Lactones macrocycliques: leur impact sur la faune non-cible du pâturage. Ann. Soc. Entomol. Fr., 35: 222-229

17. Lumaret J.-P., Kadiri N., 1998.- Effets des endectocides sur la faune entomologique du pâturage. G.T.V., 98 (3): 1-7

18. Lumaret J.-P., Kadiri N., 1997.- Factors affecting the diversity of dung beetle communities in chestnut (Castanea sativa Miller) ecosystems along a gradient from clear-cut coppice to orchard in the Cévennes mountains (Southern France), in: F. Romane (Coordinator) : Dynamics and function of Chestnut Forest ecosystems in Mediterranean Europe. A Biological Approach for a Sustainable Development (CAST). Programme Européen, DG XII, EV5V-CT94-0427.

19. Kadiri N., Lobo J.M., Lumaret J.-P., 1997.- Conséquences de l'interaction entre préférences pour l'habitat et quantité de ressources trophiques sur les communautés d'insectes coprophages (Coleoptera: Scarabaeoidea). Acta Oecologica, 18 (2): 107-119.

20. Lumaret J.-P., Kadiri, N., 1995.- The influence of the first wave of colonizing insects on cattle dung dispersal. Pedobiologia,39: 506-517.

21. Lumaret J.-P., Galante E., Lumbreras C., Mena C., Bertrand M., Bernal J. L., Cooper J.F., Kadiri, N., Crowe D., 1993.- Field effects of ivermectin residues on dung beetles. Journal of Applied Ecology, 30: 559-568.

22. Lumaret J.-P., Kadiri, N., Bertrand, 1992.- Changes in resources: consequences for the dynamics of dung beetle communities. Journal of Applied Ecology, 29: 349-356.

Communications ET RAPPORTS SCIENTIFIQUES

1. Baliteau L., Kadiri N., Lumaret J.-P., 2015.- Les bousiers de l'Aveyron (Coleoptera, Scarabaeidae). Biologie et diversité en fonction des milieux. Congrès Les invertébrés dans la conservation et la gestion des espaces naturels. Toulouse, 14-16 mai 2015. Communication affichée.
2. Lumaret J.-P., Kadiri N.- Utilisation des médicaments vétérinaires en Europe et risques environnementaux. Colloque Effervescence 2014. 20-21 nov 2014, Montpellier (Poster)
3. Echassoux A., Enriquez B., Gasparini J., Kadiri N., Lumaret J.-P. 2014.- Recherche-action sur l’effet des médicaments antiparasitaires équins sur la biodiversité du sol en forêt dans la réserve de biosphère de Fontainebleau et du Gâtinais. Actes de la 40ème Journée de la Recherche Équine, le Pin au Haras, 18 mars 2014, pp 119-127. Conférence invitée et actes.
4. Lumaret J.-P., Römbke J., Kadiri N., Errouissi F., Tixier T., Floate K., 2013. Antiparasitics and their impact on soil and dung fauna. International UBA Workshop “Pharmaceuticals in Soil, Sludge and Slurry”, Dessau (Germany), 18-19 June 2013.
5. Kadiri N., Lumaret J.-P., 2012.- Some remarks and considerations on VPs effects on dung organisms. Meeting in ECT Oekotoxikologie GmbH, Flörsheim (Germany), October 04-05, 2012. Communication.
6. Floate K.D., Kadiri N., 2012.- Seasonal activity of dung beetles (Coleoptera: Scarabaeidae) on native grasslands in southern Alberta. Joint Annual Meeting of Entomological Society of Canada and Entomological Society of Alberta, Edmonton, AB, November 4-7, 2012. Communication affichée.
7. Bon M.C., Kadiri N., Shanower T., Hoelmer K., Weaver D., Morrill W., Gaskin J.,- Genetic diversity of Cephus cinctus Norton in North America. 5th IWSS, Bozeman MT (USA), April 2012.
8. Floate K.D., Blanckenhorn W.U., Coghlin P., Gray J., Höhn P., Kadiri N., Lumaret J.-P., Scheffczyk A., Schmidt T., Schwarz A., Sekine T., Taylor C., Taylor K., Römbke J., Lessons learned during the selection of a dung beetle species as a test for insecticidal residues in cattle dung. SETAC Europe 21st Annual Meeting, Milano, Italy, 15-19 May 2011, session WEPC1 - Assessment of the effects of veterinary drugs on dung and soil organisms, 18 May 2011.
9. Römbke J., Lumaret J.-P., Kadiri N., Scheffczyk A., Adler N., 2011. New laboratory test methods with dung beetles for the evaluation of veterinary parasiticides. SETAC Europe 21st Annual Meeting, Milano, Italy, 15-19 May 2011, session WEPC1 - Assessment of the effects of veterinary drugs on dung and soil organisms, 18 May 2011.
10. Kadiri N., Lumaret J.-P, Rombke J., 2011.- Effects of moxidectin on larval development and fecundity of Aphodius constans.Workshop on the Effects of VPs on Dung Biodiversity, Montpellier, 31 March - 01 April 2011.
11. Hoelmer K., Kirk A., Kadiri N., Messing R.H., Wharton R.A., Copeland R.S., Pickett C.H.,- Classical biological control of Bactrocera oleae in California: Renewed foreign exploration. The 2002 ESA Annual Meeting and Exhibition, 20 November 2002.
12. Lumaret J.-P., Kadiri N., 1998.- Lactones macrocycliques: leur impact sur la faune non-cible du pâturage. IV^e Conférence Internationale Francophone d’Entomologie,Saint-Malo, 5-9 Juillet 1998.
13. Kadiri N., Lumaret J.-P., Bertrand M., 1991.- Mutation de l'activité pastorale, fertilisation et changement de structure des communautés d'insectes coprophages. Colloque Ecologie du Paysage, Paris, 19 Mars 1991.
14. Kadiri N., Baliteau L., Lumaret J.-P., 2011.- Etude des bousiers de la Tourbière des Rauzes, Espace Naturel Sensible (ENS). Rapport Final, Conseil général de l’Aveyron, décembre 2011.
15. Bon M.C., Kadiri N., 2009.- Implications for biological control of phylogeography and population genetics studies of Cephus cinctus Norton (Hymenotera: Cephidae), an invasive pest on wheat in North America. EBCL-ARS/ USDA, Baillarguet. Final Report.
16. Kadiri N., Lumaret J.-P., Bertrand M., David J. 2006.- Etude de l’impact du rejet accidentel d’hydrocarbures sur la faune du sol et la faune circulante. Rapport final, Total France, 89 p.
17. Hoelmer K., Kadiri N., 2001- 2004.- Exploration pour la recherche des ennemis naturels de la mouche de l’olive Bactrocera oleae (Gmelin) et l’étude de la biologie et l’écologie de ces organismes. EBCL (European Biological Control Laboratoy), ARS, USDA (rapports annuels pour EBCL-ARS-USDA).
18. Lumaret J.-P., Kadiri N., Jay-Robert P.,- Les Coléoptères coprophages : reconnaissance, écologie, gestion. Guide pratique à l'usage des gestionnaires des espaces protégés. Document multigraphié, ATEN, Montpellier. 50 p
19. Pâturage en forêt et biodiversité.- Plaquette réalisée pour le Conseil général du Var et le CERPAM.
20. Arnaud M.T., Thavaud P., Lumaret J.-P., Kadiri N., Bily F., Chauliac A., Moulignier F., Varenne T., Panis A., Bigot M., Moulet P., Orsini P., Garde L., Legrand J.P., - Conséquences écologiques d'un nouveau mode d'utilisation des milieux méditerranéens en application de l'article 19 de la CEE : l'entretien des zones à objectifs DFCI par le pâturage. Bilan de trois années de recherches, 1993-1994-1995. Rapport final, Centre d'Etudes et de Réalisations Pastorales Alpes Méditerranée (CERPAM), 82 pages + 29 annexes.
21. Arnaud M.T., Garde L., Thavaud P., Lumaret J.-P., Kadiri N., Chauliac A., Moulignier F., Varenne T., Panis A., Bigot L., Moulet P., Orsini P., 1993.- Conséquences écologiques d'un nouveau mode d'utilisation des milieux méditerranéens en application de l'article 19 de la CEE : l'entretien des zones à objectif DFCI par le pâturage. Rapport d'activité du Centre d'Etudes et de Réalisations Pastorales Alpes Méditerranée (CERPAM). 28 pages + 15 annexes
22. Lumaret J.-P., Bertrand M., Kadiri N., Cooper J.F., Galante E., Mena J., Lumbreras C., Crowe D.,- Risques encourus par les insectes coprophages et la mésofaune édaphique après certains traitements chimiques du bétail. C.R. final recherches contrat SRETIE/MERE/90038, Ministère de l'Environnement, Paris, 41 pages
23. Gillon D., Bertrand M., Etienne M., Kadiri N., Legrand C., Lumaret J.-P., Rigolot E., ValetteC., 1991.- Préventions des incendies de forêt en région méditerranéenne par l'utilisation du feu et du pâturage contrôlés: impact sur l'écosystème forestier. Compte rendu final contrat européen CEE, n° EV4V- 0088 - F(CD). 59 pages
24. Lumaret J.-P., Bertrand M., Kadiri N., Blanc P.,- Utilisation des déjections animales par la faune édaphique en région méditerranéenne. Insectes coprophages et gestion de la matière organique. Compte rendu de fin de contrat n° 87231, S.R.E.T.I.E., Secrétariat d'Etat chargé de l'Environnement, Paris, 130 pages.

Chargée de recherche CNRS (CR1)    This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.

I am a soil ecologist studying plant - microorganisms - soil interactions in terrestrial ecosystems in a context of global change. My research aims at understanding the response of soil microbial communities and the processes they control to plant diversity in a changing world.

See my publications onResearchGate

https://orcid.org/0000-0003-3752-7503

Ingénieur de Recherche (IR1)

CEFE/CNRS
Campus du CNRS
1919, route de Mende
34293 Montpellier 5

tél : +33 (0)4 67 61 32 93
fax: +33 (0)4 67 61 33 36

This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.

Visitez le site expérimental de Puechabon: http://puechabon.cefe.cnrs.fr/

Directeur de Recherche au CNRS (DR2)

CEFE/CNRS
Campus du CNRS
1919, route de Mende
34293 Montpellier cedex 5

tél : +33 4 67 61 33 07
fax: +33 4 67 41 21 38

This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.

Thématique de recherche

Je développe un travail d’écologie évolutive qui vise à analyser les traits d'histoire de vie chez les plantes (systèmes de reproduction, traits floraux, dispersion). L’accent est mis l'accent sur l'importance de la dynamique écologique (dynamique des métapopulations, démographie) comme un processus de sélection dans l'évolution contemporaine. Mon approche combine (1) Analyse des patrons d’adaptation et méthodes d’inférence des traits d’histoires de vie dans les métapopulations de plantes, en milieu naturel (2) élaboration de modèles formels en écologie évolutive (3) expérimentations et tests d’hypothèses en conditions contrôlées.

Most-clés :Métapopulation-traits d'histoire de vie-Ecologie évolutive théorique-dispersion-systèmes de reproduction-plasticité-Epigénétique

CNRS Researcher

Head of the Behavioural Ecology team

CEFE/CNRS
Campus du CNRS
1919, route de Mende
34293 Montpellier cedex 5

Bureau 208

        Directeur de recherche CNRS
        Directeur du département "Ecologie Fonctionnelle"

        This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.
        tél :+33 (0)4 67 61 33 49

I am interested in how changes in biodiversity and environmental conditions (atmospheric carbon dioxide, temperature, precipitation) affect plant-soil interactions, with a particular focus on plant litter and decomposer organisms. The main research goal is a mechanistic understanding of the drivers of biogeochemical cycles using experimental approaches in the field (alpine, temperate, Mediterranean and tropical forest ecosystems) and the laboratory.

Chargée de Recherche, HDR

CEFE/CNRS
Campus du CNRS
1919, route de Mende
34293 Montpellier 5

Tél : +33/0 4 67 61 32 11

Stephanie.bedhomme[at]cefe.cnrs.fr

Bref CV

2018    : HDR, Université de Montpellier

2014-     : CRCN CNRS, CEFE

2012-13 : Postdoc at Bellvitge Biomedical Research Institute (IDIBELL, Barcelone, Spain)

2009-12 : Postdoc at the Molecular and Cellular Plant Biology Institute (IBMCP, Valence, Spain)

2007-09 : Teaching and researche assistant, Münster University (Allemagne)

2005-07 : Postdoc at Queen’s University (Kingston, Canada)

2000-04 : PhD in the Genetic and Evolution of Infectious Disease laboratory (IRD, Montpellier)

Current group members

Michael Finnegan

Jeanne Hamet

Méril Massot

Thèmes de recherches (english version below)

• Transfert horizontal de gène, résistance antibiotique et évolution post-transfert

Nous travaillons actuellement sur les règles de circulation des gènes par transfert horizontal. Le transfert horizontal est un mécanisme qui contribue fortement à l'évolution des génomes procaryotes mais tous les gènes ne sont pas dans tous les génomes. Il existe donc des facteurs qui favorisent ou limitent les transferts et les orientent. Les recherches que nous conduisons actuellement visent à étudier le rôle de ces facteurs à différentes échelles temporelles et spatiales. Nous nous intéressons en priorité, mais pas en exclusivité, aux transferts de gènes de résistance aux antibiotiques : les données et connaissance les concernant sont abondantes, la manipulation des pressions de sélection en laboratoire est aisée et nos résultats ont potentiellement des applications plus ou moins directes pour la gestion du problème de santé publique que représente la propagation des résistances antibiotiques.

Les questions auxquelles nous essayons de répondre actuellement sont :

• Quels sont les facteurs (écologie, pression de sélection, géographie…) qui déterminent les prévalences de gènes de résistances à l’échelle mondiale ?
• Quels sont les facteurs (partage de niche écologique, association à des éléments génétiques mobiles, similarité de contexte génomique, distance phylogénétique entre hôte) qui favorisent les transferts horizontaux ?
• L’usage de codons du gène transféré affecte-il la fonctionnalité de ce gène dans le génome récepteur ?
• Le transfert horizontal d’un gène peut-il entrainer une évolution compensatoire ?
• L’évolution post-transfert est-elle détectable à différentes échelles temporelles ?

Les approches utilisées sont la mesure de fitness de collections de mutants et de gènes, l'évolution expérimentale, la génomique bactérienne et la génomique comparative.

• Propagation des hypermutateurs dans les populations bactériennes

Les hypermutateurs sont des génotypes bactériens dont le taux de mutation ponctuel est plus élevé (10 à 1000 fois) que dans le reste de l’espèce. Des modèles théoriques prédisent qu’ils ont un avantage et se propagent dans les populations qui se trouvent loin de leur optimum adaptatif. En effet, dans cette situation, la proportion de mutations avantageuses parmi toutes les mutations générées est plus importante ; les hypermutateurs ont donc un avantage transitoire en augmentant à l’approvisionnement en mutation avantageuse puis ils augmentent en fréquence en raison de la liaison génétique entre le déterminant génétique de l’hypermutation et la mutation avantageuse générée. Les conditions de propagation des hypermutateurs ont été étudiées par des approches théoriques et par des approches expérimentales qui mettent en compétition un hypermutateur avec son ancêtre mais il existe très peu d’approches expérimentales où l’apparition et la propagation d’hypermutateurs a été suivie dans plusieurs conditions environnementales. Nous avons mis en place un dispositif d’évolution expérimentale qui permet de faire cela pour les conditions environnementales suivantes : doses subinhibitrices de gentamicine et forte salinité.

Dans le cadre de cette approche, nous posons les questions suivantes :

• La probabilité et la vitesse de propagation des hypermutateurs dépend-elle du type de stress et de la largeur de la base génétique d’adaptation à ce stress ?
• Comment déterminer la nature et la base génétique de l’adaptation par une approche « évoluer et reséquencer » ?
• L’évolution en présence de concentrations subinhibitrices de gentamicine conduit-elle à des niveaux élevés de résistance ?
• Quel est le rôle de l’hétérogénéité de taux de mutation le long du génome dans l’évolution parallèle entre populations indépendante ?

• Pollution microplastique, bactéries pathogènes et résistance antibiotique.

Les plastiques, en usage ou après usage, se dégradent et libèrent dans leur environnement immédiat des nano- et microparticules. Ces particules sont transportées à longue distance par l’eau ou l’air, peuvent pénétrer dans tous les organismes vivants et représentent un danger direct pour la santé humaine, animale et végétale. Ces particules peuvent également se convertir en support pour la formation de biofilm qui peuvent contenir des espèces bactériennes pathogènes pour certaines espèces animales et/ou pour les humains. Nous nous intéressons au rôle potentiel des micro-plastiques comme vecteur de pathogènes en utilisant Vibrio anguillarum comme modèle bactérien et des microparticules de polystyrène, polypropylène et polyéthylène téréphtalate.

Dans ce contexte scientifique, nous posons les questions suivantes :

• Quelle est la variabilité intraspécifique d’adhérence de anguillarum aux microparticules de plastique ? Peut-on identifier les déterminants génétiques de cette adhérence ?
• Quelles sont les espèces bactériennes composant les biofilms sur les microparticules ? Comment cette composition varie-t-elle au cours des saisons et au travers des environnements marins ou côtier ?
• Les biofilms associés aux microplastiques présentent-ils une surreprésentation de certaines espèces ou de certains gènes (résistance aux antibiotiques par exemple) par rapport au microbiote environnant ?
• La composition des biofilms associés aux microplastiques affecte-t-elle l’adhésion de la bactérie pathogène anguillarum?
• Les biofilms associés aux microplastiques sont-ils des points chauds de transfert horizontal ?

Mots clés:

transfert horizontal de gène, résistance aux antibiotiques, effet en fitness de la variation synonyme, usage des codons, évolution expérimentale, génomique bactérienne, biofilms, pollution microplastique.

Research topics

• Horizontal gene transfer, antibiotic resistance and post-transfer evolution

We are currently working on the horizontal transfer traffic rules. Horizontal transfer is a mechanism that strongly contributes to the evolution of prokaryotic genomes but all genes are not found in all genomes. There are therefore factors that promote or limit transfers and direct them. Our current research aims to study the role of these factors at different temporal and spatial scales. We are primarily, but not exclusively, interested in the transfer of antibiotic resistance genes: data and knowledge about them are abundant, the manipulation of selection pressures in the laboratory is easy, and our results have potentially more or less direct applications for the management of the public health problem represented by the spread of antibiotic resistance.

The questions we are currently trying to answer are:

- What are the factors (ecology, selection pressure, geography...) that determine the prevalences of resistance genes on a global scale?

• - What are the factors (ecological niche sharing, association with mobile genetic elements, genomic context similarity, phylogenetic distance between hosts) that favor horizontal transfers?
• - Does codon usage of the transferred gene affect the functionality of that gene in the recipient genome?
• - Can horizontal transfer of a gene lead to compensatory evolution?
• - Is post-transfer evolution detectable at different time scales?

The approaches used are fitness measurement of mutant and gene collections, experimental evolution, bacterial genomics and comparative genomics.

• Propagation of hypermutators in bacterial populations

Hypermutators are bacterial genotypes with a higher point mutation rate (10 to 1000 times) than the rest of the species. Theoretical models predict that they have an advantage and spread in populations that are far from their adaptive optimum. This is because in this situation, the proportion of advantageous mutations among all generated mutations is greater; thus, hypermutators have a transient advantage by increasing in supply of advantageous mutation and then increase in frequency due to the genetic linkage between the genetic determinant of the hypermutation and the generated advantageous mutation. The conditions of hypermutator propagation have been studied by theoretical approaches and by experimental approaches that put a hypermutator in competition with its ancestor but there are very few experimental approaches where the appearance and propagation of hypermutators has been followed under several environmental conditions. We have set up an experimental evolutionary setup that does this for the following environmental conditions: subinhibitory doses of gentamicin and high salinity.

In this approach, we ask the following questions:

• Does the probability and rate of hypermutator spread depend on the type of stress and the width of the genetic basis for adaptation to that stress?
• How can the nature and genetic basis of adaptation be determined by an "evolve and resequence" approach?
• Does evolution in the presence of subinhibitory concentrations of gentamicin lead to high levels of resistance?
• What is the role of mutation rate heterogeneity along the genome in parallel evolution between independent populations?

• Microplastic pollution, pathogenic bacteria and antibiotic resistance.

Plastics, in use or after use, degrade and release nano- and micro-particles into their immediate environment. These particles are transported over long distances by water or air, can penetrate all living organisms and represent a direct danger for human, animal and plant health. These particles can also become a surface where biofilm forms which may contain bacterial species pathogenic to certain animal species and/or humans. We are interested in the potential role of micro-plastics as pathogen vectors using Vibrio anguillarum as a bacterial model and polystyrene, polypropylene and polyethylene terephthalate microparticles.

In this scientific context, we ask the following questions:

• What is the intraspecific variability of anguillarum adherence to plastic microparticles? Can we identify the genetic determinants of this adhesion?
• What are the bacterial species composing biofilms on microparticles? How does this composition vary over the seasons and across marine or coastal environments?
• Do microplastic-associated biofilms show an over-representation of certain species or genes (e.g. antibiotic resistance) relative to the surrounding microbiota?
• Does the composition of microplastic-associated biofilms affect the adhesion of the pathogenic bacterium anguillarum?
• Are microplastic-associated biofilms hotspots for horizontal transfer?

Key words:

Horizontal gene transfer, antibiotic resistance, fitness effect of synonymous variation, codon usage, experimental evolution, bacterial genomics, biofilms, microplastic pollution.

Publications

• Finnegan M., Hamet J., Desmarais E. and Bedhomme S. (2023) Following the Dynamics of Structural Variants in Experimentally Evolved Populations. J. Vis. Exp. (192), e64709, doi:10.3791/64709.
• Pradier L. and Bedhomme S. (2023) Ecology, more than antibiotics consumption, is the major predictor for the global distribution of aminoglycoside-modifying enzymes. eLife 12:e77015. doi:10.7554/eLife.77015.
• Callens M., Rose C.J., Finnegan M., Gatchitch F., Simon L., Hamet, J., Pradier, L., Dubois, M-P. and Bedhomme, S. (2023) Hypermutator emergence in experimental Escherichia coli populations is stress-type dependent. Evolution Letters, 7: 252–261. doi:10.1093/evlett/qrad019.
• Callens M., Scornavacca C. and Bedhomme S. (2021) Evolutionary responses to codon usage of horizontally transferred genes in Pseudomonas aeruginosa. Microbial Genomics, 7:000587. doi: 10.1099/mgen.0.000587.
• Pradier L., Tissot T., Fiston-Lavier A-S. and Bedhomme S. (2021) PlasForest: a homology-based random forest classifier for plasmid detection in genomic datasets. BMC Bioinformatics, 22: 349. doi: 10.1186/s12859-021-04270-w.
• Callens M., Pradier L., Finnegan M., Rose C.J. and Bedhomme S. (2021) Read between the lines: Diversity of non-translational selection pressures on local codon usage. Genome Biology and Evolution, evab097. doi:10.1093/gbe/evab097.
• Bedhomme S., Amorós-Moya D., Valero L.M., Bonifaci N., Pujana M-A. and Bravo I.G. (2019) Evolutionary changes after translational challenges imposed by horizontal gene transfer. Genome Biology and Evolution, 11:814–831. doi:10.1093/gbe/evz031.
• Bedhomme S., Perez-Pantoja D. and Bravo I.G. (2017) Plasmid and clonal interference during post-horizontal gene transfer evolution. Molecular Ecology, 26: 1832-1847. doi:10.1111/mec.14056.
• Mengual-Chuliá B., Bedhomme, S., Lafforgue, G., Elena, S.F., Bravo, I.G. (2016) Assessing parallel gene histories in viral genomes. BMC Evolutionary Biology 16:32.
• Félez-Sánchez M., Trösemeier J-H., Bedhomme S., González-Bravo M-I, Kamp C. and Bravo I.G. (2015) Cancer, warts or asymptomatic infections: clinical presentation matches codon usage preferences in human papillomaviruses. Genome Biology and Evolution, 7:2117–2135.
• Bedhomme S., Hillung, J. and Elena S.F. (2015). Emerging viruses: why they are not jacks of all trades? Current Opinion in Virology10:1–6.
• Larcombe S.D., Bedhomme S., Garnier S., Cellier-Holzem E., Faivre B. and Sorci G. (2013) Social interactions modulate the virulence of avian malaria infection. International Journal of Parasitology43: 861-867.
• Bedhomme S., Lafforgue G. and Elena S.F. (2013) Genotypic but not phenotypic historical contingency revealed by viral experimental evolution. BMC Evolutionary Biology13:46.
• Bedhomme, S.,Lafforgue, G. and Elena S.F. (2012) Multihost experimental evolution of a plant RNA virus reveals local adaptation and host specific mutations. Molecular Biology and Evolution29:1481–1492.
• Bedhomme, S., Chippindale, A.K., Prasad, N.G, Delcourt, M., Abbott, J.K., Mallet, M.A. and Rundle, H.D. (2011) Male-limited evolution suggests no extant intralocus sexual conflict over the sexually dimorphic cuticular hydrocarbons of Drosophila melanogaster. Journal of Genetics90: 443-452.
• Jiang, P.P., Bedhomme, S., Prasad, N.G. and Chippindale, A.K. (2011) Sperm competition and mate harm unresponsive to male-limited selection in Drosophila: An evolving genetic architecture under domestication. Evolution65: 2448-2460.
• Bedhomme, S. and Elena, S.F. (2011) Virus infection suppresses Nicotiana benthamianaadaptive phenotypic plasticity. PLoS ONE 6: e17275.
• Elena, S.F.,Bedhomme, S., Carrasco, P., Cuevas, J.M., de la Iglesia, F., Lafforgue,G., Lalić, J., Pròsper, A., Tromas, N. and Zwart, M.P. (2011) The evolutionary genetics of emerging plant RNA viruses. Molecular Plant-Microbe Interactions24: 287–293.
• Abbott, J.K., Bedhomme, S. and Chippindale A.K. (2010) Sexual conflict in wing size and shape inDrosophila melanogaster. Journal of Evolutionary Biology 23: 1989-1997.
• Amoros-Moya, D., Bedhomme, S., Hermann, M. and Bravo, I.G. (2010) Evolution in regulatory regions rapidly compensates the cost of non-optimal codon usage. Molecular Biology and Evolution 27: 2141–2151.
• Bedhomme, S., Bernasconi, G., Koene, J.M., Lankinen, A.,Arathi, H.S., Michiels, N.K. and Anthes, N. (2009) How does breeding system variation modulate sexual antagonism? Biology Letters5: 717-720.
• Michalakis, Y., Bedhomme, S., Biron, D.G., Rivero, A., Sidobre, C. and Agnew, P. (2008) Virulence and resistance in a mosquito – microsporidium interaction. Evolutionary applications1: 49-56.
• Bedhomme, S., Prasad, N.G., Jiang, P.P., Chippindale, A.K. (2008) Reproductive Behaviour Evolves Rapidly When Intralocus Sexual Conflict Is Removed. PLoS ONE3: e2187.
• Kwan, L., Bedhomme, S., Prasad, N.G. and Chippindale, A.K. (2008) Sexual conflict and environmental change: tradeoffs within and between the sexes during the evolution of desiccation resistance. Journal of Genetics87: 383–394.
• Rivero, A., Agnew, P., Bedhomme, S., Sidobre, C. and Michalakis, Y. (2007) Resource depletion in Aedes aegyptimosquitoes infected by the microsporidia Vavraia culicis. Parasitology 134: 1355-1362.
• Prasad, N.G., Bedhomme, S., Day, T. and Chippindale, A.K. (2007) An evolutionary cost of separate genders revealed by male-limited evolution. American Naturalist169: 29–37.
• Prasad, N.G. and Bedhomme, S. (2006) Sexual conflict in plants. Journal of Genetics85: 161-165.
• Bedhomme, S., Agnew, P., Sidobre, C., Vital P.O. Y. and Michalakis, Y. (2005) Prevalence-dependent costs of parasite virulence.PLoS Biology 3: e262.
• Bedhomme, S., Agnew, P., Sidobre, C. and Michalakis, Y. (2005) Pollution by conspecifics as a component of intraspecific competition among Aedes aegyptiEcological Entomology 30: 1-7.
• Agnew, P., Berticat, C., Bedhomme, S., Sidobre, C. and Michalakis, Y. (2004) Parasitism increases and decreases the costs of insecticide resistance in mosquitoes. Evolution58: 579-586.
• Bedhomme, S., Agnew, P., Sidobre, C. and Michalakis, Y. (2004) Virulence reaction norms across a food gradient. Proceedings of the Royal Society of London B271: 739-744.
• Bedhomme, S., Agnew, P., Sidobre, C. and Michalakis, Y. (2003) Sex-specific reaction norms to intraspecific larval competition in the mosquito Aedes aegypti. Journal of Evolutionary Biology16: 721-730.
• Agnew, P., Bedhomme, S., Haussy, C. and Michalakis, Y. (1999). Age and size at maturity of the mosquito Culex pipiens infected by the microsporidian parasite Vavraia culicis. Proceedings of the Royal Society of London B 266: 947-952.

Book chapter:

• Bataillon, T., Bedhomme, S., Dillmann, C., Gaba, S., Gallet, R., Guidot, A., Goldringer, I., Jasmin, J-N., Kaltz, O., Méry, F., Nidelet, T., Reboud, X., Schneider, D., Sicard, D. and Spor, A. 2015. Evolution expérimentale. In F. Thomas, T. Lefèvre et M. Raymond (Eds), Biologie Evolutive, De Boeck, collection LMD, France, 617-646.
• Bedhomme, S. and Chippindale A.K. (2007) Irreconcilable differences: When sexual dimorphism fails to resolve sexual conflict (pp 185-194). In: Sex, Size and Gender Roles: Evolutionary studies of sexual size dimorphism. DJ Fairbairnm WU Blanckenhorn et T Székely editors. Oxford University Press, Oxford.

Maître de conférence

email: This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.

Pour me contacter:

Email : This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.

Adresse actuelle: Centre d'Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE - CNRS)

1919, route de Mende, F - 34293 Montpellier Cedex 5, France.

Tel: +33(0)4 61 67 32 41

Enseignements

J'effectue actuellement mes enseignements au sein de l'Université Montpellier, où j'interviens principalement dans les filières de préparation au concours de l'enseignement. Je suis en particulier co-responsable du parcours Agrégation du master 2 BEE. Je suis également responsable d'une UE d'Ecologie fonctionnelle (L2).
J'enseigne principalement l'écologie et la biologie des organismes, végétaux ou animaux, avec un fort intérêt pour l'enseignement de terrain.

Publications

•  Coq S. et Bouffier A.Le sol : une interface vivante entre lithosphère et atmosphère.In Perrier C., Beaux J.F., Bouffier A., Coq S. , Darribère T. et al. Biologie-Géologie tout-en-un BCPST 2e année. Dunod

• Bouffier A. et Coq S.Les enjeux de la gestion des solsIn Perrier C., Beaux J.F., Bouffier A., Coq S. , Darribère T. et al. Biologie-Géologie tout-en-un BCPST 2e année. Dunod

• Coq S., Cárdenas R.E., Mousain D., Selosse M.A., Richard F., Hättenschwiler S.(2022)Ectomycorrhizae and nitrogen acquisition from tannin-protein complexes inPinus pinea.Pedobiologia 94https://doi.org/10.1016/j.pedobi.2022.150817

• Coq S., Ganault P., Le Mer G., Nahmani J., Capowiez Y., Dignac P.F., Rumpel C., Joly F.X.(2022)Faeces traits as unifying predictors of detritivore effects on organic matter turnoverGeoderma422: 115940. https://doi.org/10.1016/j.geoderma.2022.115940

• Ganault P., Barantal S.,Coq S., Hättenschwiler S., Lucas S., Decaens T., Nahmani J. (2022)Leaf litter morphological traits, invertebrate body mass and phylogenetic affiliation explain the feeding and feces properties of saprophagous macroarthropods.European Journal of Soil Biology, 109.

• Erktan A.,Coq S., Blanchart E., Chevallier T., Trap J., Bernard L., Nahmani J., Hartmann C., Hedde M., Ganault P., Barot S., Cortet J. (2022).Biodiversité et structure physique des sols : une vision spatialisée du fonctionnement des sols.Étude et Gestion des Sols, 29 :153 :167

• Perrin W. , Fontana S. ,Coq S., Berlioz L., Jay-Robert P, Moretti M.(2021)Trait-based responses of dung beetle assemblages to grazing intensity in contrasting bioclimatic contexts.Environmental Entomology, 50 (6) : 1332–1343https://doi.org/10.1093/ee/nvab091

• Joly F.X.,Coq S., Coulis M., David J.F, Hättenschwiler S., Mueller C.W., Prater I., Subke J. A. (2020) Litter conversion into detritivore faeces: the highway to decomposition. Communications Biology

• Coq S, Nahmani J, Kazakou E, Fromin N, David JF (2020). Do litter feeding macroarthropods disrupt cascading effects of land use on microbial decomposer activity? Basic and Applied Ecology. 46: 24-34

• Coq S. & Ibanez S. (2019)Soil fauna contribution to winter decomposition in subalpine grasslands. Soil organisms 91 (3): 107 - 112

• Meinard Y., Coq S., Schmid B. (2019).The vagueness of "biodiversity" and its implications in practice. In : Casetta, E., Marques da Silva, J., Vecchi, D. From Assessing to Conserving Biodiversity. Conceptual and Practical Challenges. Springer.

• Arnoldi JF.,Coq S., Kéfi S., Ibanez S (2019).Positive plant-soil feedbacks trigger tannin evolution by niche construction: a spatial stoichiometric model. Journal of Ecology.

• Hättenschwiler S. , Sun T,Coq S (2019).The chitin connection of polyphenols and its ecosystem consequences. New Phytologist (2019) 223: 5–7

• Hättenschwiler S, Barantal S, Ganault P, Gillespie L, Coq S.(2018) Quels enjeux sont associés à biodiversité des sols? Innovations Agronomiques , 69 , 1-14

• Coq S, Nahmani J, Resmond R., Segrestin J., David JF, Schevin P., Kazakou E (2018). Intraspecific variation in litter palatability to macroarthropods in response to grazing and soil fertility. Functional Ecology, 32, 2615 - 2624.

• Joly FX, Coq S., Coulis M., Nahmani J., Hättenschwiler S. Litter conversion into detritivore faeces reshuffles the quality control over C and N dynamics during decomposition.Functional Ecology, 32, 2605 - 2614.

• Gripp A., Francisco de Assis E., Carneiro L., Dettogni Guariento R., Figueiredo-Barros M.P.,Coq S., Milcu A., Caliman A. (2018)Weak to no effects of litter standing stocks on the decomposition of litter mixtures in a tropical restinga ecosystem.Pedobiologia - Journal of Soil Ecology, 68, 20-23, doi: 10.1016/j.pedobi.2018.02.003

• Bumb I., Garnier E., Coq S., Nahmani J., Del Rey Granado M., Kazakou E. (2018) Traits and the digestibility-decomposability relationships in species from Mediterranean rangelands. Annals of Botany, 121 (3), 459–469. doi 10.1093/aob/mcx175

• Erktan A., Balmot J., Mérino-Martin L., Monnier Y., Pailler F.,Coq S., Abiven S., Stokes A., Le Bissonnais Y (2017).Immediate and long-term effect of tannins on the stabilization of Mediterranean soil aggregates.Soil Biology and Biochemistry,105, 197-205

• Coulis, M., Hättenschwiler, S.,Coq, S. and David J.F., 2016.Leaf litter consumption by macroarthropods and burial of their faeces enhance decomposition in a mediterranean ecosystem.Ecosystems 19: 1104. doi:10.1007/s10021-016-9990

• Meinard, Y.,Coq, S., Schmid, B. (2014)A constructivist approach towards a general definition of biodiversity.Ethics, policy and environment, 17 (1), pp 88-104

• Ibanez, S., Bernard, L., Coq, S., Moretti, M., Lavorel, S., Gallet, C. (2013),Herbivory differentially alters litter dynamics of two functionally contrasted grasses.Functional Ecology, 27 (4). doi: 10.1111/1365-2435.12094

• Coq S, Weigel J, Bonal D, Hättenschwiler S, 2012.Litter mixture effects on tropical tree seedling growth - a greenhouse experiment.Plant BIology, 14, pp 630 - 640. DOI: 10.1111/j.1438-8677.2011.00534.x

• Coq S, Weigel J, Butenschoen O, Bonal D, Hättenschwiler S, 2011.Litter composition rather than plant presence affects decomposition of tropical litter mixtures.Plant and soil, 343, pp 273–286 Doi: 10.1007/s11104‐011‐0717‐y

• Hättenschwiler S.,Coq S, Barantal S., Handa T, 2010.Leaf traits and decomposition in tropical rainforests: revisiting some commonly held views and towards a new hypothesis.New phytologist, doi: 10.1111/j.1469-8137.2010.03483.x.

• Tarascou I, Souquet JM, Mazauric JP, Carrillo S,Coq S, Canon F, Fulcrand H, Cheynier V, 2010.The hidden face of food phenolic compounds.Archives of Biochemistry and Biophysics,501 (1)

• Coq S, Souquet JM, Meudec E, Cheynier V, Hättenschwiler S, 2010.Leaf litter tannins drive decomposition and control animal consumption in a humid tropical forest in French Guiana.Ecology,91

• Coulis M, Hättenschwiler S, Rapior S,Coq S. 2009.Litter consumption by soil macrofauna and the fate of condensed tannins.Soil Biology and Biochemistry,41, pp. 2573-2578.

• Coq, S.; Barthes, B.; Oliver, R.; Rabary, B.; Blanchart, E, 2007.Earthworm activity affects soil aggregation and organic matter dynamics according to the quality and localization of crop residues-An experimental study (Madagascar).Soil Biology and Biochemistry,39 (8), pp. 2119-2128