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PLATES-FORMES Marqueurs génétiques

Marqueurs génétiques

Le Service des Marqueurs Génétiques en Ecologie SMGE est la plate-forme la plus importante du CEFE avec un flux d’environ 70 utilisateurs en 2010 et une surface de travail de 250 m2.

altLe SMGE a pour mission :

- de mettre au point des outils et techniques de biologie moléculaire et de microbiologie appliqués à la biologie et l’évolution des populations

 - de mettre ces outils et techniques à disposition des équipes du CEFE et parfois hors CEFE

- de conseiller les utilisateurs sur le choix des techniques de biologie moléculaire  ou de microbiologie et/ou des marqueurs génétiques

- de former les utilisateurs étudiants, chercheurs, doctorants, intra et extra-CEFE aux techniques de biologie moléculaire et de microbiologie

Le SMGE est constitué de 3 laboratoires :

- un laboratoire de biologie moléculaire

- un laboratoire de microbiologie (bactériologie et virologie)

- un laboratoire « ADN sensible »

L’équipement complet est régulièrement renouvelé pour les techniques de l’écologie moléculaire et de microbiologie.

altLe CEFE  faisant partie de la SFR MEB (Structure Fédérative de Recherche Montpellier Environnement Biodiversité), le SMGE est ainsi en réseau avec les plates-formes « génomique environnementale » (génotypage-séquençage et qPCR haut-débit) et « ADN dégradé » de la SFR MEB. Ainsi, le SMGE bénéficie des infrastructures et des appareillages de ces différentes plates-formes, par exemple de plusieurs séquenceurs capillaires pour les travaux de séquençage et/ou  génotypage moyen débit.

Equipement :

  • Matériel de biologie moléculaire (centrifugeuses, cuves d’électrophorèse, pipettes…)
  • 1 Broyeur Retsch MM301
  • 1 Robot pipetteur  BioRobot 3000 (Qiagen)
  • 9 Thermocycleurs (6 Mastercycler Eppendorf et 3 PTC100 MJ Research)
  • 3 Hottes PCR
  • 2 séquenceurs Applied ABI Prism 3130 XL 16 capillaires (SFR MEB)
  • 1  pipetteur automatique Beckman Biomek 3000 (SFR MEB)
  • 1 spectromètre Nanodrop ND8000 (8 capillaires) (SFR MEB)
  •  Logiciels: GeneMapper , SeqScape et Sequencher Software
  • Matériel de microbiologie (3 Hottes flux laminaire, 3 agitateurs incubateurs, 5étuves)
  • 1 spectrofluoromètre TECAN 
  • Laverie (1autoclave, 1 autoclave de paillasse, lave vaisselle…)

Quelques exemples de recherches menées dans la plateforme

Thèmes de recherche

Outils moléculaires

Exemples

Structure sociale

 

Marqueurs microsatellites

Estimation du taux de paternité extra-couple chez les oiseaux

Phylogénie / phylogéographie

 

Séquences d’ADN

Phylogéographie de la belette  dans

le Palearctique occidental

Structure génétique des populations

Marqueurs microsatellites

Estimation des flux de gènes dans des populations de champignons Amanita caesarea

Génétique du paysage

Marqueurs microsatellites

Influence des barrières topographiques sur les flux de gènes à une échelle microgéographique ; ex de la vipère d’Orsini et de la tortue d’Hermann

Choix du partenaire sexuel basé sur les signaux olfactifs

Pyroséquençage

Etude des MHC chez les pétrels bleus

Dynamique de l’adaptation

Construction de gènes, clonage, mesure d’expression,  cytométrie en flux

Dynamique d’évolution des niches adaptatives chez des populations d’E.coli dans différentes conditions environnementales

 

 

 

 

 

 

Equipe Plateforme des marqueurs génétiques

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Claudine Montgelard (MdC EPHE)
Responsable scientifique
claudine.mongelard@cefe.cnrs.fr
04.67.61.33.04

Marie-Pierre Dubois (IE1 CNRS)
Responsable technique
marie-pierre.dubois@cefe.cnrs.fr
04 67 61 32 48

Laure Benoit (T CIRAD)
Personnel technique
laure.benoit@cefe.cnrs.fr

Véronique Arnal (T EPHE)
Personnel technique
veronique.arnal@cefe.cnrs.fr

Contact plateforme :

_EqMARKGEN@cefe.cnrs.fr