Biostatistiques et Biologie des Populations

Rémi CHOQUET

altIngénieur de recherche

CEFE/CNRS
Campus du CNRS
1919, route de Mende
34293 Montpellier 5

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Fax : +33/0 4 67 61 33 36

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Mots clés : Disciplines : Calcul scientifique, Ecologie Technique : Mathématiques, Informatique Thématique :Capture-Recapture Autres mots clés :Algorithmique, Logiciels

Thèmes de recherche:

La lecture de mon habilitation vous donnera une idée du mon travail 

 

Génération automatique de modèles en capture recapture: il s'agit de développer un langage similaire à ceux existant dans les logiciels statistiques pour la génération automatique de modèle en capture-recapture. A cause du grand nombre d'effet et de leur dimension, la génération directe de la matrice de design a été remplacée par une approche mixte.

Méthodes numériques pour l'identifiabilité: il s'agit d'étudier les propriétés du rang d'un modèle et de l'identifiabilité locale des paramètres sous certaines hypothèses de régularité. On en déduit des algorithmes peu couteux pour des diagnostics presque sur, sur l'identifiabilité locale d'un paramètre.

Estimation de taux de croissance de population sans ou en présence d'hétérogénéité (recherche conjointe avec R. Pradel).

Estimation fréquentiste de modèle mixtes pour des clusters d'individus (en collaboration avec O. Gimenez).

Estimation du temps passé dans un état (en collaboration avec R. Pradel et Yann Guédon): une approche semi-Markovienne est en cours de développement qui permet une description formelle adaptée.

Développement logiciels pour l'adéquation et l'estimation en capture-recapture:

  • Développement d'algorithmes pour le calcul précis et rapide: D'une part, on utilise des statistiques réduites et des techniques de vectorisation pour accélérer le calcul de la vraisemblance. D'autre part, on considère des algorithmes hybrides mélangeant Quasi-Newton et EM
  • Outils de diagnostiques pour la qualité des résultats
  • Approche hiérarchique à l'échelle des réponses, que ce soit au niveau des états ou bien des observations.

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Aide aux logiciels:


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